台北地檢察署10日上午宣布三中案偵查結果，前立委蔡正元、其妻洪菱霙與岳父等皆遭起訴。蔡正元發表聲明喊冤說，只有他借款給領航基金會，絕無領航基金會付任何款項給他，他在此案中絕無背信問題，也未侵佔阿波羅資金或背信侵佔領航基金會等。
至於洪菱霙及岳父洪信行，蔡正元也澄清，洪菱霙當時只是他的助理，不知道他的資金管理事宜，只是幫他跑銀行、辦手續，因此不構成背信侵佔。至於洪信行，蔡正元說，洪信行是他的債權人，他還錢給洪信行，洪信行也不構成背信侵佔。
蔡正元指出，阿波羅公司百分之百股權都是他一人所有，因此他從阿波羅公司取得資金，不構成背信侵佔問題，阿波羅公司是受他委託才持有該項資金，並非阿波羅公司的原有資金，他以委託人的身份取回資金，不構成背信侵佔。
蔡正元說，阿波羅公司持有該項資金早已列入內帳要支付給他自己、莊婉均、羅玉珍3人，但因3人另有合約爭議，他要求阿波羅公司將該項資金先信託給自己，由他自行與羅玉珍、莊婉均會算，這不構成背信侵佔。
蔡正元也說，在合約到期前，他會算取得應可取得的資金，縱使羅玉珍、莊婉均有不同意見，仍只是民事爭議，不構成背信侵佔阿波羅資金，當信託契約屆期，他將會算結餘款返還給阿波羅公司，再由阿波羅公司返還給委託人（蔡正元），也不構成背信侵佔阿波羅資金。
「沒有侵佔背信及洗錢防制的問題」
至於「中影股款」爭議，蔡正元說，這筆款項是他的資金，不是中影的，他用於處理各項契約債權債務，而且他本人也是債權人，用於投資房產、股票、支付費用，沒有侵佔背信及洗錢防制的問題。
中影公司減資款的部分，蔡正元表示，台北地檢署已經做過不起訴處分，而過去羈押他的事由，並非背信侵佔中影公司減資款，且偵訊過程及內容也無關中影公司減資款，這方面的質疑僅存在於媒體上所發布的訊息。
有關「背信侵佔領航基金會」部分，蔡正元也澄清絕無此事，只有他借款給領航基金會，絕無領航基金會付任何款項給他，而且2016年5月他入住基金會的房宅，因為2016年2月主管機關教育部指示他買回該房宅，不要讓基金會積欠高額負債，他才入住，並依教育部指示完成產權轉讓事宜，這也未涉及背信侵佔。
