行政院內閣改組名單公佈，除了教育部長由內政部長葉俊榮轉任外，行政院發言人徐國勇，在賴內閣第二階段內閣改組，將轉任內政部長，法務部長與財政部長由調查局長蔡清祥、財政部次長蘇建榮升任，行政院長賴清德今（12）日在記者會上特別強調內政與法務部，未來的施政重點在於打擊犯罪，尤其是掃毒將是重中之重。
賴揆表示，內政部在葉俊榮擔任部長任內，已經先後完成社會住宅、都更、《財團法人法》、國土計畫、改善警消待遇，徐國勇在葉的既有基礎上，將是最佳接任人選，「徐國勇有豐富的民代、社團經驗，可以擔任政府與人民團體的橋樑，對民意非常敏銳，具備內政部長應有特質，未來期許徐善用法律專業，打擊犯罪，尤其掃毒是未來重中之重。」
財政部長方面，現任部長許虞哲過去一段時間由於身體健康一度亮紅燈，在完成稅改方案推動後，許向賴揆表達，財政部長應該由年輕人接棒，賴揆表示，第一階段稅改方面過程平順，照顧勞工與年輕人，讓月所得3萬以下不用繳稅，儘管許虞哲表達階段任務已完成，但以許部長豐富經驗，國家還有借重之處。
接任的蘇建榮，民進黨執政前，在台北市柯市府擔任財政局長，先前則任教於台北大學財政系，賴揆表示，蘇建榮學界政府歷練完整，擔任次長二年多業務嫻熟不在話下，未來在稅務、國有財產、國庫與關務管理上，會有更精進的作為。
至於法務部長方面，賴揆表示，現任部長邱太三，任內推動很多制度改革，包括《洗錢防制法》修法、新世代掃毒、獄政改革，「最近邱屢次表達希望休息回學校教書，我勉予同意他離開法務部，不過他在兩岸與國安有豐富經驗，相信總統會繼續借重專長。」
接任法務部長的蔡清祥，係法學、公共管理碩士，長期擔任檢察官、之後升任法務部主秘、常次，在法務體系歷練完整，調查局長任內治軍嚴謹，大力查緝毒品，偵破重大毒品案件，賴揆表示，蔡清祥擔任法務部長，等於對外宣示政府掃蕩毒品維護治安決心。
交通部長方面，賴揆表示，交通部攸關人民生命便利與安全，賀陳旦憑藉專業一一克服，尤其是「前瞻基礎建設」規劃，係建構完善交通網絡，帶動區域平衡發展，賀陳旦任內的規劃將會改變台灣1、20年的樣貌，賀陳旦當初入閣時，承諾幫忙一年，現在已經超過二年，他也已多次提起希望離開交通部，以他過去豐富經驗人才絕不會寂寞，未來會持續借重，不會讓他離開團隊。
至於接任的台灣港務公司董事長吳宏謀，曾任高雄市副市長，林全內閣上台後擔任工程會主委，賴揆表示，行政院未來希望借重他工程上豐富經驗，與地方建設的嫻熟，持續推動相關規劃，確保工程品質讓計畫如期如質完工。
另外，行政院發言人則由原住民不分區立委、民進黨發言人谷辣斯・尤達卡委員接任，賴揆表示，谷辣斯歷任新聞記者、主播，後來擔任桃園市原民局局長，歲後轉任立委，擔任立委二年表現認真沈穩，專業深獲好評。
故宮院長也換人 前文建會主委陳其南接任
在這一波改組過程，比較沒被談論的，則是故宮博物院，以及教育部體育署與農委會農糧署，故宮南院前陣子才與包商解約，教育部體育署先前則發生世足賽轉播無線電視台授權不足爭議，農糧署則因香蕉、鳳梨等農產品價格崩盤，被蔡英文總統點名「問題很大」。
故宮博物院長林正儀請辭，由現任國藝會會長陳其南接任，賴揆表示，林正儀大力推動故宮轉型，在公共化與數位化也受到文化界一致好評，「前一陣子林正儀表達另有人生規劃，建議找更有文化與號召力的人，我們很幸運找前文建會主委陳其南接任，陳其南是台灣社區總體營造文化創意推手，也是行政院文化會報委員，故宮有重要學術地位 尤其故宮南院具備相當廣闊空間，相信陳院長以台灣與東南亞為視野，把台灣與東南亞、歐洲複雜動人歷史動能向世人呈現，讓故宮有更多元樣貌。」
行政院發言人徐國勇表示，體育署署長未來將由高俊雄接任，農糧署署長則由農委會主秘胡忠一兼任。
