行政院內閣改組傳聞，本週在颱風襲台前夕引爆，由於被點名的部會愈來愈多，甚至副閣揆施俊吉也傳出可能異動，還有媒體報導行政院發言人徐國勇日前致電民進黨新竹縣長候選人鄭朝方，一通電話讓內閣改組消息曝光。由於相關傳言已有失控情形，行政院長賴清德今（12）日親自召開記者會，宣布內閣改組名單，除了外傳的內政、教育、法務、財政、交通五大部會外，最近發生爭議的故宮博物院、體育署、農糧署首長，也在這一波內閣改組中中箭落馬。
賴清德今天在副閣揆施俊吉、行政院秘書長卓榮泰與即將轉任內政部長的行政院發言人徐國勇陪同下，召開記者會，由賴清德宣布內閣改組名單，賴揆宣布後，再由徐國勇代表教育部與農委會，宣布教育部體育署與農委會農糧署的首長異動。
賴清德表示，在立法院臨時會結束後幾天，內閣人事引起各界討論，在還沒完整安排前，不方便對外說明，他對於相關傳言感到抱歉，他去年9月9日銜命接任行政院長，就勉勵閣員「誠實面對社會問題、務實制訂對策、踏實解決問題」，期勉內閣成為「做實事內閣」，當時由於行政院長、副院長與秘書長都是新手，因此當時請各部會首長留下來打拚。
賴揆表示，過去十個月各部會在推動施政上，無不全心投入，也都能完成行政院交付任務，因此，本次人事安排係依據執政節奏需要，所進行調整，「因應團隊任務需求，並非對閣員能力的否定，相反地，我們由衷肯定閣員奉獻，完成階段任務。」
新閣員下周上路 賴清德：重點在規劃落實執行
賴揆將下週一正式上路的內閣改組，定位為上任後的「第二階段內閣改組」，強調第二階段改組之所以必要，是因為總統就任後頭二年，行政團隊必須迅速規劃各項建設與改革，所有法律計劃方案都是以急行軍方式完成，如今，第一階段在閣員齊心努力下，改革規劃已陸續到位，現在邁入第二階段，「重點在規劃落實執行。」
對於外界解讀，本次內閣改組係因應年底縣市長選舉的「戰鬥內閣」，賴揆強調，這次人事安排依據施政節奏需要，未來二年應落實第一階段重要國家建設規劃的政策執行，改組的目的無非是希望在推動政務上，更加服務人民，讓建設效益持續提升。
新閣員「菊系」色彩濃厚 賴清德：這樣說不公平
賴揆表示，本次異動的閣員，包括內政部長葉俊榮、財政部長許虞哲與法務部長邱太三，過去一段時間都曾向他表達，當初承諾的時間已到，為了讓內閣團隊因應第二階段的階段任務，行政團隊在執政上，也需要搭配節奏調整，因此，閣改組相關的徵詢工作，已經持續了一個月之久。
至於有外界質疑，本次重新入閣的交通部長吳宏謀，與客委會主委李永得等人，都是總統府秘書長陳菊在高雄市長任內的市府閣員，連同前陣子賴清德在台南市長任內的市府閣員，陸續進入行政院擔任內政部次長、交通部次長，本次內閣改組「菊系」與新系色彩頗濃，賴清德表示，吳宏謀、李永得等人都是國家人才，「我們不應該把這些部會首長，曾在高雄市任內服務過，就限縮為菊內閣，這對被點名的部會首長也不盡公平。」
