論文案打落綠營政治明星前新竹市長林智堅，並拖跨民進黨選情，雪上加霜的是，桃園市長鄭文燦的論文也有問題，且鄭已親自證實遭台大撤銷碩士學位。鄭文燦原本打算參選總統蔡英文因敗選交出的黨主席，如今地雷爆發，勢必造成衝擊。
針對所涉台大國發所碩士在職專班碩士論文案，鄭文燦表示，今（2）日接獲台大通知，針對他在2011年台大國發所碩士在職專班碩士論文檢舉案，經過台大社科院學倫會審議，以嚴謹學術論文規範認定有涉及抄襲，撤銷碩士論文。
鄭文燦發表5點聲明表示，第一，基於對於中國民主化議題的關心，他就讀台大國發所碩士在職專班時，選定的論文主題為中國大陸的基層民主的演變（2011年完成）。因為當時的時空條件，無法進行實證研究，故以文獻分析法進行，先後參考包括書籍、期刊、網路文獻超過百餘種，「本人的論文寫作引述廣泛，未抄襲單一論文，也沒有抄襲的動機」。
第二，他的碩士論文寫作係先完成本論文草稿，再進行論文引述來源的註腳，因為參考資料較多、核對時間不足、部分書籍論文未在手上，因此，學倫會採用最新相似性比對軟體結果，發現他在2011年碩士論文沒有註明來源出處的段落。
鄭文燦指出，第三，他出席台大社科院學倫會時表示，國發所當時並未規定要使用相似性比對軟體，在繳交論文時，3位口試委員針對問題意識、研究方法及研究結論，審查通過論文，他的碩士論文主要是以政治學的系統論研究中國基層民主化（農村村自治及城市居民委員會），無法導向民主轉型，中國基層選舉在1987年後是兼具參與及社會控制雙重面向。
鄭文燦說明，而台大社科院學倫會以現在相似性比對軟體，重新檢視2011年的論文，發現有未註明出處的論文來源，他在會中表示，碩士論文具有見解的原創性，也通過了口試委員的審查，但部分內容未引述出處，係因論文寫作過程的疏忽，若當時國發所有相似性軟體比對的要求，他也會發現未列出的參考論文，也把內容出處全部以註腳的方式列出。他出席學倫會時，對於這樣的瑕疵表示了歉意，但確實沒有故意或是抄襲的意圖，也無關他碩士論文的原創性結論。
鄭文燦表示，第四，台大社科院學倫會撤銷他的台大國發所碩士論文，他基於熱愛、尊重母校台大，雖然有所遺憾，但他願意坦然面對現在以嚴謹的學術規範的審定結果。他出席學倫會說明時，已經針對論文引述的瑕疵說明原因並且致歉，現在重審論文結果出來，他願意再一次致歉。
最後，鄭文燦說，第五，他於大學及研究所均就讀台大，進入職場後，再報考台大國家發展研究所碩士在職專班就讀，目的在於擴展個人視野，這個初衷並無改變，他還是要深深感謝台大國發所各課程的授課及論文指導教授。
