針對各界對於高鐵延伸屏東未進入高雄車站的疑問，交通部提出以下說明：
2007年間，交通部為減少拆遷，評估高、台鐵共軌方案進入高雄車站技術可行性，並報院同意修正高雄計畫擴大台鐵隧道斷面，以預留台鐵、高鐵共軌所需界面。
2010年10月高鐵局向毛治國部長提報高鐵延伸至屏東及與台鐵共軌可行性，當時毛部長的裁示為：高鐵延伸線採共軌方案不予考慮。因此未留任何路廊提供高鐵進入高雄車站，此點盼各界能夠理解。
由於高雄鐵路地下化已於2018年10月14日通車，已不可能再採取台、高鐵共軌；若再挖高鐵隧道或高架，初估因須經過高雄車站，屆時高雄車站附近必須拆遷約65棟民房，鳳山車站至高屏溪則需拆遷約200棟民房。整體評估必須拆遷約265棟房子，考量此為不可能之任務且影響民眾甚鉅，甚至施工期間對市中心區會造成10年的交通衝擊。
高鐵延伸屏東經多年評估，已綜合考量工程難度、施工期程與對人民生活之衝擊，並避開石化工業區。交通部經綜合考量後，以避開市區，自左營站經仁武、鳥松、大樹至屏東最佳，現已進入綜合規劃與環評階段。
