論文案餘波蕩漾，調查局調查官余正煌自訴控告前新竹市長林智堅涉違反《著作權法》，長期關注勞權的民眾黨立委賴香伶13日指，近日有報導指出，余正煌因論文案「不聽長官勸」，可能年度考績會被打乙等，還要被轉調內勤，連同事都為他打抱不平；余正煌更發文直指「黨、聯合公司（指任職單位調查局）要攻我嗎？沒關係，我不會更差了！要戰就來」。賴香伶呼籲全民聲援余正煌。
賴香伶批評，之前調查局的「政治辦案」已遭各方詬病，現在連對自己同仁遇到不公不義之事，沒有積極協助，反到傳出對余正煌有不利對待。「難道調查局因爲此案涉執政黨內高層人士，就對自己同仁軟硬兼施、動以打考績施壓嗎？這樣的機關風氣，怎能取信於民？」
賴香伶並點名國安局長陳明通，指陳是政府職權高官，在國會上高聲「喊冤」，別忘了自己是論文抄襲案的利害關係人，卻一再透過媒體放話偏頗林智堅，言行荒腔走板，只會護航政治人物，攻擊平民百姓，實在有失國家最高情報機關首長之責，還自稱「受害者」？陳明通是領百姓薪水，不是領民進黨薪水，「真的是愧對2300萬納稅人，理應辭職。」
