九合一大選民進黨慘敗，新竹市前市長林智堅的論文抄襲案被視為造成民進黨九合一選舉敗選原因之一。1月11日開庭時台北地方法院開庭審理時，有消息傳出事件當事人余正煌去年度工作考績遭評為乙等，並從外勤轉調內勤。是否有「秋後算帳」嫌疑，引發外界討論。對此，調查局對外表示，外界傳言並非屬實，余正煌去年的考績是甲等，並非外傳乙等。
在去年九合一大選期間，林智堅台大國發所碩士論文被爆出抄襲同系學長余正煌，最後台大國發所認定林智堅碩士論文抄襲，撤銷台大國發所碩士學位。有媒體爆料，事情爆發後確實有官員希望余正煌能協助幫林智堅解圍，但余正煌並未接受，最後還提告林智堅侵害著作權。
另外，余正煌日前也在個人臉書PO文反嗆，「黨，聯合公司要攻我嗎？沒關係，我不會更差了，要戰就來」，還有媒體稱余正煌去年度考績遭打乙等，還被轉調內勤。不過，事隔半個多月，調查局對外表示，外界傳言並非屬實，余正煌去年的考績是甲等，並非外傳乙等。
