朱習會確定成局，國民黨主席特別顧問高孔廉與智庫執行長尹啟銘被視為奔走有功。事實上，由於高孔廉專心籌畫朱立倫登陸事宜，其職掌下的國民黨大陸事務部功能並不顯著；反倒是尹啟銘積極運用智庫平台，先促成副主席郝龍斌出席南京「連胡會10周年」研討會，後搭建朱立倫率團出席國共論壇，在高層動作上著力甚深。
朱立倫接任黨魁後大力改造智庫國政基金會，除了由自己出任董事長外，指派尹啟銘擔任執行長，希望借重其政策論述能力。而在兩岸交流事務上，朱立倫不但起用高孔廉接掌國民黨大陸事務部，更任命他為特別顧問，重視高孔廉的兩岸事務深厚實力的用意明顯可見。
然而黨內人士卻發現，曾經手ECFA等兩岸重大議題的尹啟銘，對兩岸事務十分積極，包括5月初的國共論壇，和25日的南京「連胡會10周年」研討會，都由智庫負責主要籌畫，大陸事務部反而只有後勤支援的功能。據內部說法，這一變化應與高孔廉做事抓大放小，並且與智庫淵源不深，有一定的關連性。
黨內人士透露，在尹啟銘主導下，國政基金會內負責兩岸交流事務的分工也出現變動，過去負責選舉、地方制度、政黨發展等國內政策研究的內政組，成為國共論壇與南京研討會的主要負責部門。
反倒是在基金會章程中明訂職掌為研究國防、外交、大陸、僑務及其他有關國家安全政策議題的國家安全組，多年來一向負責國共間的二軌交流，反而在這兩場重大活動中被邊緣化，甚至連議程和參加人員都不清楚。
內部人士指出，不同於過去國安組以政策研究對話為交流主軸，內政組對國共互動著眼於高層交流。以25日在南京舉行的連胡會10周年研討會為例，在尹啟銘主導之下，國政基金會將規劃聯繫的重點放在安排郝龍斌出席一事上，積極促成郝龍斌在朱習會之前先與張志軍會晤。
而國政基金會雖為台灣主辦方，但包括前國安會秘書長蘇起在內的台灣學界與會者，卻由對岸海研中心出面邀請。分工變動雖無礙於活動籌劃，卻也讓國台辦及海研中心近來頻頻向經常往來的智庫學者打趣說，「國民黨近來的變化，連北京都看不懂」。
