洪案與阿帕契特權案當然應究辦，但也不能媚俗取寵而亂整，使軍中管理階層人人自危，當長官者只求下屬不出事、不違紀，當部屬的也因此有恃無恐，反正又沒有軍法，管理訓練、建軍備戰又將置於何地？這是馬英九執政以來「整軍經武」的世界級笑話，不僅暴露了其對「文人領軍」思維的紊亂，也讓大陸前南京軍區副司令因而公開輕蔑臺灣軍隊的戰力。
不可否認，全球民主化的國家，都以「文人領軍」為張本，但其內涵在於軍隊超越黨派，並受文人元首統率，戰爭與否、為何而戰、為誰而戰的政治權力在於文人政府，且文人政府須承擔建軍備戰所需的法律制訂、預算籌措乃至兵力來源的補充等，而軍事首長須秉持軍事專業，向文人政府提出與國防相關的政策丶國防戰略的建議，並據此擬定軍事戰略，負責執行建軍備戰以至戰爭的成敗責任。遺憾的是，在2000年即立法實施的「國防二法」，雖明文律定上述「文人領軍」的規範，迄今為止卻是「離離落落」，合理的懷疑，馬英九或許不知有此二法，否則怎麼會如此離譜的統率三軍？
嚴格來說，台灣威權統治時期並無「文人領軍」與否的問題，即便到了李登輝當選首任的民選總統，也還在軍事強人郝柏村的掣肘下執政，軍事將領在國民黨權力核心的排名，常凌駕文人首長。以國民黨「黨軍」為傳統的國軍，効忠的對象自然是國民黨政府。
我國真正邁向民主國家「文人領軍」的起點則是在陳水扁在2000年3月當選總統後。當時，長期以來均以「反台獨」為政治教育宗旨，且與民進黨處於對立面的軍方，高級將領人心浮動，在時任參謀總長湯曜明召集的會議中，紛紛慷慨激昂的指陳「國軍不應為台獨而戰」，湯曜明則以「國軍服膺中華民國憲法，為維護民主憲政而戰，為二千三百萬人民而戰」平息爭議。這也是所謂的「草山論劍」，而湯曜明也樹立了國軍超越政黨，服從文人政府領導落實「軍隊國家化」的里程碑。
嗣後，原本宣稱將辭卸國防部長以照顧生病妻子的唐飛，也在包括筆者在內的各方勸說下，應允留任，進而在總統當選人陳水扁的力邀下出面組閣。而為了穏定軍心，消弭軍方及外界對民進黨台獨的疑慮，陳水扁不僅在就職前親訪國防部、參謀本部，以及過去視民進黨如冦讎的現退役高級將領，聽取他們對建軍備戰的期待，也保證自己任內不會宣佈台獨，同時發表針對軍隊、軍人、軍眷及榮民的「三安」政策，衍申至就職演說中的「四不一沒有」宣示，不僅有安內攘外的戰略性意義，其實也穩定了政黨輸替後「文人領軍」的憲政體制，這段過程暗潮洶湧卻終於風平浪靜的政軍關係，應是中華民國憲政史上彌足珍貴的一頁。
