2000年後，日本查扣臺灣漁船次數的增加，且持續多輪的臺日漁業談判沒有得出任何具體結論，漁民對日本不滿日漸加深，更痛恨臺灣政府的無能。2005年時李登輝提出釣魚台屬於日本的說法，再一次激怒漁民，漁民認為當時的民進黨當局“只會要漁船不要前往作業”（中國時報，2005/06/10，C2/基隆〈新聞對日嗆聲 漁界同時臭罵政府〉），並且對李登輝宣稱日本擁有釣魚島主權感到憤怒。既有漁會受限於自身定位，無法直接站在衝突第一線，於是當地漁民尋求成立新的組織保衛自身權益。南方澳漁民在2005年成立漁民權益促進會，有別於傳統以作業類型區分的漁民組織，這一組織的目標主要是向日本政府與臺灣政府爭取釣魚島海域的捕魚權。此外，漁民行動也開始有極端化傾向，口述史資料顯示，部分南方澳漁民甚至主張成立“武裝義勇隊”，準備以土制汽油彈對付進入臺灣海域的日本漁船（中國時報，2005/06/17，A4/焦點新聞〈掛五星旗是氣話 擔心護漁說說而已！ 南方澳漁民揚言組武裝義勇隊〉），在海上捍衛捕魚權利。
2012年時任東京都知事石原慎太郎推動由政府將「私人擁有」的釣魚島買下，日本政府決定推進釣魚島國有化計畫，進一步明確日本的領土主張。對於經濟上長期受到壓迫的臺灣蘇澳區漁民們而言，臺日漁業談判已經進行了超過十輪，離達成協議仍遙遙無期，日本對釣魚臺卻是步步進逼，以蘇澳區漁會為主的漁會決定發動包圍釣魚台的行動。面臨著即將到來的颱風，9月24日下午漁船出海時，海上風浪已經達到8-9級，為了確保漁民生命安全，組織方勸阻了許多小型漁船，最後抵達釣魚島海域的約有80艘。當接近釣魚島20海浬時，日本方面出動約30艘船艦攔阻。臺灣漁民採用較大型漁船開路、小型漁船跟隨的方式突破封鎖，日本船艦則以高壓水槍、直升機與飛機阻攔、恐嚇。最終，臺灣漁船經過衝擊進入釣魚島領海，抵達距離釣魚島2海浬內位置。台灣漁民的大規模海上行動，在世界漁業史上都是罕見的，西方主流媒體都報道了事件，給日本政府帶來了巨大的壓力，同意了在釣魚台周遭海域劃出一小塊區域給台灣漁民。
然而擱置主權只談漁權的作為，現在看來並沒有真正捍衛了漁權，在釣教協與蘇澳區漁會的合作調查中，漁民代表表示隨著台灣政權的更替，日方對台灣漁民的態度更加傲慢，當初劃定的海域也沒有真正的實行，甚至還有縮小的趨勢，正如釣魚台教育協會的聲明指出的，沒有主權就沒有漁權，在沒有主權的保障下，漁權的談判變成是日方單方面的施捨，而當初日方所以同意有限漁權正是台灣漁民不畏生死的捍衛主權行為，漁民的勇敢凸顯了當下台灣政治人物和名嘴的投機和軟弱，台灣漁民幾十年捍衛釣魚台的行動說明柯文哲的這個鍋，漁民不背。
＊作者為香港理工大學助理教授，釣魚台教育協會志工
