當時的銀行家基廷（Charles Keating）的信貸破產，美國聯邦政府展開調查，卻傳出遭到聯邦參議員施壓，不得調查此事，馬侃被指是施壓的參議員之一，儘管聯邦參議院倫理委員會還他清白，但馬侃直言，這件事已成為他眾多勳章上，永遠「揮之不去的汙點」。另外，他在2000年爭取黨內提名為總統候選人，則因邦聯旗（Confederate flag）議題落敗。
挑選裴琳當副手開啟災難
馬侃當時被問及移除南卡羅來納州首府哥倫比亞（Columbia）的邦聯旗有何看法，他直言為南方邦聯打仗的祖先都「選錯邊」，「就算有所貢獻，我也不認為要用冒犯、刺痛人心的方式去紀念，因為有些人的祖先的自由被我們的祖先否定」。馬侃直言不諱讓他初選節節敗退，最後宣布退選，改支持時為競爭者、之後成為美國總統的小布希（George W. Bush）。
2008年，馬侃捲土重來，再度挑戰黨內提名，這次他成功被提名為總統候選人，且寫下共和黨歷史新頁，挑選時任阿拉斯加州長裴琳（Sarah Palin）擔任副總統人選，裴琳也成為共和黨史上首位女性副總統候選人，但馬侃選擇引發抨擊，更稱他挑選裴琳是一大災難，而他在生前撰寫的回憶錄《激湧波濤》（暫譯，The Restless Wave）中坦言，後悔選了裴琳當副手。
競選期間幫對手歐巴馬講話
這次競選期間，馬侃展現他的風骨，當他在明尼蘇達州東南部城鎮雷克維爾（Lakeville）與選民會談，1名白人女性發言說：「我不信任歐巴馬，我讀過他的資料，他不是（美國人），他是阿拉伯人。」馬侃隨即拿過麥克風稱：「不，太太，他（歐巴馬）是個正直、有家庭的男人和（美國）公民......他不是阿拉伯人。」馬侃也說，對於選舉期間爭論歐巴馬的公民身分，他無法認同此事。
馬侃無緣入主白宮，敗給民主黨籍的歐巴馬，但他大方恭賀歐巴馬，更直言美國歷史開創新頁，「這是場歷史大選，我認知到這對非裔美國人的特殊意義，也知道今晚的獨特榮耀屬於他們......歐巴馬為他和國家，達到非凡成就」。馬侃之後重回聯邦參議院，但他因對部分議題的立場轉換而被抨擊，像是他曾堅持在邊界設置圍欄，之後卻變成放鬆邊界。
與川普立場大相逕庭
曾當過戰俘，且被虐待的馬侃堅定反對酷刑和虐囚，因此在他大力推動下，聯邦參議院2014年公布極具爭議的虐囚報告，指出美國中央情報局（CIA）在911恐攻後，如何虐待嫌犯和戰俘，殘暴程度遠超過外界猜測，「我深信美國人民有權，或說有責任知道，以他們的名義去做了什麼事、這些是符不符合我們的利益，且是否符合我們看重的價值」。
