2017年起，《南華早報》在媒體界一片裁員聲中，反而增聘300名員工，且新聘不少科技人。今年2月，《南華早報》搬到新總部，編輯室採開放式空間，不僅有電視攝影棚、播客（Podcast）工作室，還有咖啡吧、桌球桌，打造舒適的工作環境。儘管《南華早報》目前仍未轉虧為盈，不過母公司阿里巴巴高層指示，希望《南華早報》專注於開發新產品與新的營收模式，利用母公司提供的新平台，力圖在7年內轉虧為盈。
阿里巴巴帶來的改變，讓《南華早報》員工憂喜參半，一方面不必再擔心公司財務出狀況，也不會面臨人力不足的窘境，另一方面則擔憂《南華早報》可能像言論逐漸緊縮的香港一樣，受到中國政府干預，失去原本的新聞自由。
刊登習近平心腹之女醜聞 《南華早報》撤稿惹議
批評者認為，阿里巴巴入主《南華早報》之後，報社立場已然轉變，刊登更多支持政府的社論，也違反針對敏感議題進行透明、獨立報導的報社內部規定。去年發生的任美珍撤稿事件，令《南華早報》蒙受中國干預新聞自由的質疑。
去年7月18日，在《南華早報》專欄工作11年的財經評論員任美貞（Shirley Yam）撰寫《這名半島控股公司的新加坡投資人如何連結到習近平心腹？》（How's the Singaporean investor in The Peninsula's holding company linked to Xi Jinping's right-hand man?），由於文章內容影射習近平親信栗戰書的女兒栗潛心涉嫌斂財，還刊登在7月19日的《南華早報》紙本版，時值中共19大召開前夕，旋即引發各方猜測。
時隔一天，《南華早報》罕見在網路刪除這篇文章，並公開道歉：「此文不符合我們的出版標準，因為該文包含幾個無法驗證的暗示性內容。」任美貞對此則辭職抗議。
怕得罪中國高官 記者：《南華早報》「自我審查」
同樣聚焦《南華早報》立場轉變的《紐約時報》（New York Times），則引述2012年至2015年在《南華早報》擔任數位編輯的王豐，指出在阿里巴巴收購之前，《南華早報》害怕得罪中國官員、企業高層，已有自我審查的文化，報社編輯經常重寫、淡化，或擱置批評文章。據紐時採訪《南華早報》記者，現在的《南華早報》仍然會自我審查，以避開中共領導人、人權等爭議話題的調查報導。
《明鏡》周刊訪問《南華早報》執行編輯周松欣（Chow Chung-yan），詢問《南華早報》的新聞是否會受到中國干預，周松欣則表示，《南華早報》與各個政府都有絕佳的關係，「當它們覺得報導不公，都會打電話來向我們要求開會。」但周松欣聲稱，他從來沒接過來自北京的電話。
A Hong Kong Newspaper on a Mission to Promote China’s Soft Power https://t.co/cC8IrGJXAW
— The New York Times (@nytimes) 2018年4月1日
「《南華早報》恐淪為北京宣傳機器的工具」
今年初的桂民海事件，卻暴露中國希望藉《南華早報》向外宣傳的動機。今年2月，中國公安部要求《南華早報》派記者採訪瑞典籍政治批評家桂民海，他遭中國警方強行從火車上帶走。桂民海在這場中國政府安排的採訪中表示，自己受到瑞典的鼓動，違反中國法律，更稱自己被瑞典人士當作「政治棋子」。前《南華早報》記者林和立表示：「《南華早報》可能淪為北京宣傳機器的工具。」
《明鏡》分析，中國政府現在更加關注國家聲譽，投入數十億元在宣傳海外的中國媒體，儘管《南華早報》是私人企業，但是向世人宣傳中國更好的印象，也符合阿里巴巴企圖進軍全球市場的利益。《明鏡》推測，愛國精神和自身利益，應該是馬雲收購《南華早報》的合理動機。
