繼2021年7月宣布在立陶宛設館後，波羅的海國家愛沙尼亞外交部長薩克納3日表示，已準備好接受台灣開設經濟文化代表處，以促進雙邊關係，但重申其遵循「一個中國」政策，並不承認台灣為國家。另外，愛沙尼亞智庫「國際防衛及安全中心」將於8日舉行研討會，我國外長吳釗燮應邀出席。
對於在愛沙尼亞設立代表處一事，我國外交部4日回應，目前仍是討論階段，雙方都肯定設處對強化交流具重要意義，但尚未達成共識，「外交部感謝愛沙尼亞政府願持續與我們討論，外交部對此保持開放態度」。至於吳釗燮訪問愛沙尼亞，外交部僅稱，會在適當時候對外說明。
美國聯邦參議院外交委員會在社群平台X的官方帳號3日分享相關報導，並寫道：「我們歡迎愛沙尼亞和台灣深化關係。台灣的價值與蓬勃的民主，還有他們的先進經濟及致力於支持規則為基礎的國際秩序，讓他們成為美國和其密切朋友的天然夥伴。」
We welcome the deepening of ties between Estonia and Taiwan.
— Senate Foreign Relations Committee (@SFRCdems) November 3, 2023
Taiwan’s values and vibrant democracy, as well as their advanced economy and commitment to supporting the rules-based international order, make them a natural partner to the United States and our closest friends. https://t.co/gNZknxLEqv
由於愛沙尼亞正就天然氣管線及海底電纜疑遭中國貨櫃船「新新北極熊號」（Newnew Polar Bear）破壞一事，與中國尋求合作調查，對於吳釗燮到愛沙尼亞參加國際防衛及安全中心（ICDS）研討會，愛沙尼亞總理卡拉斯（Kaja Kallas）認為，不應有所影響。
根據愛沙尼亞《郵差報》（Postimees）報導，卡拉斯說：「我不認為（吳釗燮到訪）這對我們和中國的溝通有任何影響，愛沙尼亞已遵循『一個中國』政策數十年，部會首長也沒與台灣或西藏的代表見過面」。將出席ICDS活動的愛沙尼亞前外長瑞恩薩魯（Urmas Reinsalu）也強調，兩者不應扯在一起。
吳釗燮到訪不影響破壞管線調查
連接愛沙尼亞和芬蘭的天然氣管線8日突然壓力下降，負責運作的芬蘭天然氣公司（Gasgrid Finland）和愛沙尼亞能源輸送系統公司「愛勒林」（Elering）隨即暫停輸送，之後發現管線周邊海中有外洩的天然氣，且附近連接愛沙尼亞和瑞典的海底電纜EE-S1也被破壞。
芬蘭10月21日稱，香港註冊的中國貨櫃船「新新北極熊號」是事件發生前後，行經案發地點的船隻，因此該船為首要調查對象。愛沙尼亞同月23日表示，已聯繫中國，尋求「鼓勵關注此調查的合作」。中國外交部發言人毛寧同日說，希望確保調查客觀、公正和專業性。
芬蘭10月24日說，在被破壞的天然氣管線附近發現大型船錨，認為此斷裂船錨在海床被船拖行。愛沙尼亞隨後宣布，針對被破壞的海底電纜，同樣鎖定新新北極熊號進行調查。愛沙尼亞外交部長薩克納（Margus Tsahkna）當時稱：「我希望我們能得到中國的必要支持，與船隻擁有者及船員有建設性聯繫。」
