這也造成在中共十八大後的劇烈反腐敗運動中，大量民營企業家受到牽連。對此，2013年馬雲在一次演講中稱，不管阿里巴巴發展多快，也絶不與政府做生意，「在過去的14年中，阿里巴巴始終堅持的信念是『只和政府談戀愛，但不結婚』。」
馬雲「交棒」之際，正是中國民營企業困難之時——剛結束的2018中國民營企業500強峰會上中國全國工商聯常務副主席徐樂江稱，民營經濟有過發展的坦途，但是進入新階段，錢不那麼好掙了，風險挑戰也更多了，在去槓桿、穿透式嚴監管等背景下，「一切看起來就不再那麼美好了」。
作為中國民營企業家的標誌性人物，選擇此時離場並不利於當前市場低迷的信心。《阿里巴巴：馬雲的商業帝國》的作者鄧肯·克拉克（Duncan Clark）向《紐約時報》稱，「不管他願不願意，他都是中國私營經濟健康與否和所能達到高度的一個象徵。不管他樂不樂意，他的退休都將被解讀為不滿或擔憂。」
」制度遺產「：受羅馬元老院啟發的合夥人制度
很難說馬雲「交棒」是倉促之舉。如他所言「這是認真凖備了 10 年的計劃」。回顧阿里巴巴發展的幾個重要時刻，不難看到這個「10年計劃」的種種痕跡。
阿里巴巴創業最初的18人，被媒體稱為「阿里十八羅漢」。2009年9月，馬雲突然宣佈包括自己在內的「十八羅漢」集體辭去創始人身份，集團內部開始試運行「合夥人制度」。
阿里巴巴方案中的「合夥人」並非一般意義上合夥企業中的合夥人——即可以按照持有股份的比例分配董事提名權，並需要對企業的債務承擔連帶責任。阿里巴巴的合夥人必須「在阿里巴巴工作5年以上，具備優秀的領導能力，高度認同公司文化，並且對公司的發展有積極性貢獻，願意為公司文化和使命傳承竭盡全力」。
馬雲認為，合夥人作為公司的運營者、業務的建設者、文化的傳承者，同時又是股東，最有可能堅持公司的使命和長期利益，為客戶、員工和股東創造長期價值。
2014年在紐約上市，規模達250億美元，創下歷史記錄。
這一制度創意源於兩處——首先是投行高盛和諮詢公司麥肯錫，採用的合夥人制度；其次是受古羅馬帝國「元老院」的治理模式的啟發和影響。古羅馬元老院由家族首領組成，是古羅馬共和體制的捍衛者。
經過3年的內部試運行，2013年，馬雲以內部郵件形式披露了阿里巴巴集團的合夥人制度，稱每年選拔新合夥人加入，在3年試運行基礎上，已經產生了28位合夥人，阿里巴巴合夥人制度可以正式宣佈了。其後，合夥人數目有增有減，目前達36人。
這一制度使阿里一度陷入爭議，直至五年前阿里巴巴考慮在香港上市時，爭議達到頂峰——該制度使持股比例不到10%的馬雲和管理團隊可以保持對阿里巴巴的控制權造成阿里股份的「同股不同權」，與香港堅持的「同股同權」上市規則相牴觸。
支持者認為，這種制度可以確保董事會成員與阿里管理團隊的經營理念和文化價值觀一致，還能讓秉承阿里文化價值觀的人才脫穎而出，注入了新鮮生命力，而且群體性接班，安全係數大了很多，可確保公司持久發展。
反對者則認為，如果接班的合夥人群體中缺乏如馬雲一般使命感強、個人魅力出眾、領導力超群的人，就會陷入長期的内鬥，內部自我消耗將快速降低企業的決策能力和速度，使阿里陷入空喊口號、無所作為的狀態。
爭論並未最終塵埃落定，但在馬雲的堅持下，阿里巴巴帶著「合夥人制度」捨港取美，赴紐交所上市，成為該所史上最大的IPO。四年後，港交所修改上市規則，宣佈啟動 20 年來最大變革，正式放開「同股同權」的股權設置限制。
