2024總統大選唯一一場辯論會今（30）日午後登場，在第三階段交互詰問，對於民眾黨總統候選人柯文哲民提問如何看待台大卡管案及高端疫苗採購案？民進黨候選人賴清德回應，柯文哲忽略了來自校園的聲音，更鼓勵若高端案柯文哲還有證據，可以離開後直接到地檢署控告。
會中，柯文哲提問，作為台大校友，當年「卡管案」及前新竹市長林智堅論文抄襲案，沒有聽過賴清德講過一句話，是否同意民進黨的作法？作為醫師，賴清德是否同意為了高端疫苗阻擋BNT疫苗？是否同意封存高端疫苗採購合約30年？甚至要給立委審閱的重要項目全都塗黑，這就是民進黨的公開透明？而他也要向侯友宜提問，其實新北市早就有民眾黨不分區提名人黃國昌公布的「賴皮寮」空照圖，為什麼都不拿出來？究竟是要養案？還是侯、賴雙方互相掩護？
賴清德回應，身為台大校友，他當然關心台大學術自由與發展，柯文哲只注意到管中閔的案件，卻忽略了起初來自台大校園的聲音，且管能擔任校長，也是在自己擔任行政院長的時間內核定的。
對於林智堅論文抄襲案，賴清德表示，在擔任黨主席時，已對此做出嚴正的裁示。另外，若認為高端有問題，柯文哲自己身為醫師，可以提出問題在哪裡，直接移送檢方偵辦，據他所知，目前各地方選舉的62個案件，各單位都已經查明完畢，並沒有任何弊端出現，若柯還有進一步的證據，「我鼓勵你，不要停止，待會離開的時候，就馬上去地檢署按鈕控告。」
至於疫苗採購合約部分，賴清德坦言，他贊成應該要公開，因為高端的價格已經公佈，立法院已經調閱過，監察院也已經審議過了。在此時把合約公開，他認為，人民有知道的權利，也能避免不斷惡意的攻擊。
對於「卡管案」，侯友宜直指，政府干涉學術自由，非常不應該，民進黨若有不對的地方，就應該出來講清楚，不要逃避；此外他也質疑，「高端63告發案辦完了嗎？你去問人民高端辦完了嗎？是你們包庇的還是怎樣？」但是連人民都有問題，封存30年，賴清德如果選不上，就由他來把封存打開還比較快。「你現在當副總統，你就解密啊！」
