二、東廠式政治迫害？
行政院於2018年3月31日宣布提名前監察委員黃煌雄擔任「促轉會」主委，認為黃煌雄是藍綠都能接受，政界公認的公正人士，能順利促轉會業務。
而黃煌雄卻表示，「這個主委對我是人生的意外」，他起先婉謝，後來才接受，其中一個很重要而根本的理由就是蔡英文總統告訴他，「促轉會不是戰場，而是要探索真相、尋求和解」。其次，黃被問到對促轉會的態度，「我只有3句話：探索真相、伸張公義、追求和解」，如果用更簡練的6個字，則是「真相、公義、和解」。
2018年9月11日，台灣《鏡周刊》在網路上發布了一段錄音。錄音顯示，時任促轉會副主委的張天欽在內部會議提及「除垢」時，稱「你看侯友宜，這個如果沒有操作，很可惜」。要求其他研究員加班也要找出各國類似侯友宜的案例，稱侯友宜「是轉型正義最惡劣的例子」。此外又與研究員蕭吉男自表「我們本來是南廠，現在變西廠，後來升格變東廠」，並意圖和立委套招影響侯友宜選舉，讓促轉會儼然淪為執政黨選戰的打手。
張天欽還在內部會議強調「主委（黃煌雄）幫我們定調我覺得很不爽，我絕對會把他翻案，我們應該走南非的和解，不應該德國的咎責，那法條白紙黑字不是都寫了，還什麼混種的，促轉會不接受這套，至少我副主委不接受這套，該怎麼做就怎麼做，人死了當然沒有辦法，沒有死的，不然什麼叫做轉型正義」
消息傳出後，引發輿論嘩然，外界紛紛抨擊張天欽的言論。9月12日，張天欽發布聲明，宣布辭去促轉會副主委一職，促轉會主委黃煌雄促轉會專任委員楊翠、葉虹靈與彭仁郁召開記者會，對此事誠摯地三鞠躬道歉。
三、組織內外同聲撻伐
據了解，促轉會剛成立不久，就曾傳出主委黃煌雄與副主委張天欽理念不合，由於張天欽認為黃煌雄是和解派，因此張力推仿效東歐共產國家的「除垢法」。
而「除垢法」為人事清查制度，意圖究責威權時代的加害者與執法人員。促轉會內部對該法案出現明顯分歧，其中研究員因為不認同張天欽的做法，所以對外洩漏「非正式」之「祕密內部會議」紀錄。
其次，網路媒體聯合新聞網最新民調，題目「促轉會傳出要打侯友宜遭非議，副主委張天欽因而請辭止血，你怎麼看？」，進行民意調查，調查結果顯示：
第一名、不意外，民進黨打選戰一貫手法，張天欽請辭證明心虛。（28,417票）
第二名、不論是否有選舉考量，點名侯友宜就有瓜田李下嫌疑，非常不妥。（653 票）
第三名、我要選誰自有判斷，有信心不會受這些政治操作的影響。（444票）
