BBC指出，儘管日本民眾對阿爾尼科斯的案件感到不滿，但兩國政府都未公開評論過此案件。美國天普大學（Temple University）教授布朗（James D Brown）表示，日本政界人士或主流媒體都沒有動機去放大審視這個案件，因為日本國內普遍認為，儘管有不公正之處，但與美國的結盟關係對日本的安全而言更為重要，這樣做將會惡化美日關係。
對美軍駐日存在的不滿情緒是一個歷史悠久的問題。自二戰結束至今，約有5萬4000名美國軍人駐紮在日本全境內的120個基地，其中光是在沖繩就有32個基地、近3萬名美軍。由於沖繩與台灣的位置相近，美國若要應對中國入侵台灣，在沖繩的部署至關重要。在日本，沖繩對於駐日美軍的不滿情緒最為高漲。去年的一項調查顯示，有七成的沖繩居民認為美軍基地集中於沖繩是「不公平的」；儘管反基地運動組織經常舉行抗議活動，但同一調查顯示，有越來越多的年輕人接受美軍的存在。然而，許多人擔心軍事部署會造成噪音和環境汙染，同時美國軍人酒後鬧事的社會事件也頻頻發生。很少有人忘記1995年三名美軍性侵一名12歲的沖繩女孩，此社會案件引發長達數月的抗議活動。
儘管許多日本人對美軍駐紮表示不滿，但布朗教授指出，作為日本的核心盟友，美國依舊「不可替代」。BBC指出，面對北韓的長期威脅、日益壯大的中國以及俄羅斯等，地緣政治的需求意味著美軍基地不會從日本消失。神田大學教授傑佛瑞·霍爾（Jeffrey Hall）認為，因為日本周遭的安全問題越趨嚴重，美日聯盟比過去任何時候都更為強大，以至於日本領導人寧願忽視阿爾尼科斯這類問題，好持續推動與美國的軍事合作。布朗教授則警告，當美國對其盟友的擔憂展現傲慢和漠不關心的態度時，將使那些反對美日聯盟的國家，像是北韓、中國和俄羅斯，有機會趁虛而入、挑撥美日關係。
