520政權交接前夕，潛艦小組召集人黃曙光今（16）日卻突然向總統蔡英文請辭，震驚軍政界，此舉也恐讓潛艦後續艦預算規劃生變。黃曙光本人晚間則發出聲明，指請辭是因個人身心俱疲，完全與他人無關，更無關任何政治因素，未來將會以民間人士身分，協助台船與海軍造艦提供各項諮詢參考。
對於潛艦後續7艘艦的量產計畫，政府高層及黃曙光先前的規劃，是以「3+2+2」的方式，分3批次建造，並在第3批次建造時，將原型艦「海鯤號」也納入進行性能提升。看似潛艦後續艦已有曙光，然今日卻傳出身為國安會諮委、潛艦小組召集人的黃曙光，已經向蔡英文請辭，潛艦主導權回歸國防部及海軍司令部，也讓潛艦後續艦量產計畫增添變數。
請辭一事吵得沸沸揚揚，黃曙光晚間發出聲明表示，完全是個人於大選期間，基於國家安全的思考，不要再有政治爭議，傷害國防戰力的提昇，不負責任的言論自由，分化傷害人民的感情，決定自己應該辭去工作。
黃曙光指出，潛艦國造案是歷任總統的政策，全案均依法依約執行，近7、8年的時間，個人承受了不實指控與嚴重毀謗及攻訐，意圖混淆國人認知，更無法忍受有心人士，攻擊破壞國防戰力的提昇，打擊詆譭軍人名譽與士氣，這些政治算計竟然將個人利益置於國家利益之上，敗壞社會風氣影響深遠，個人不能苟同，才正式提出告訴，以正視聽。
黃曙光強調，個人請辭是個人身心俱疲，完全與他人無關；更無關任何政治因素，未來將會以民間人士，協助台船與海軍造艦提供各項諮詢參考，籲請有心的名嘴、特定學者及政治人物，要以國家為念，不要再運用媒體作不實報導，不要再分化製造人民與政府的對立，不要再有惡意的攻擊敗壞社會風氣，不要再打擊軍人的名譽與士氣，否則國家的未來堪憂。
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