針對日前報載總統蔡英文將在520卸任前特赦前總統陳水扁，前立委邱毅認為，蔡英文卸任在即，並沒有足夠的時間處理特赦事宜，且陳水扁還有4個案件未解，若要特赦，須將剩下的案件重新審判，對陳水扁來說未必有利，建議朝野3黨共同制定「特赦條例」，不再追究過往案件，以避免台灣走向仇恨政治。
針對報載蔡英文將特赦前總統陳水扁，邱毅在網路節目《阿姐反抗軍》表示，蔡英文絕對來不及在卸任前完成特赦，就算準總統賴清德520上任後，也會優先面對國情報告、兩岸、缺電、NCC人事等問題，無瑕處理這個高度爭議的問題。
邱毅接著指出，陳水扁最初有10起貪污案件纏身，其中4個已經結案，陳水扁也為此坐了6年牢，扣除修法後除罪化的國務機要費案，以及被判無罪的侵占機密外交款3萬美元案，還剩下4案未定案，目前也暫停審判。邱毅續指，現行法規只能特赦已經定案的部分，若要特赦陳水扁，需重啟審查剩下的4個案子，包括非常棘手的國泰世華合併案，且當時貪污5億是有被追查到的，「陳水扁現在還算清閒，若談特赦反而更虧。」
邱毅提議，由朝野3黨協商，共同制定「特赦條例」，不針對特定人，也不再追究過往案件，特赦所有有需要的人，包括4案未解的陳水扁、涉假博士爭議的蔡英文，以及三中案纏身的前總統馬英九，避免台灣走向仇恨政治，每任總統卸任後都因官司纏身入獄。
