由於災情嚴重，使得鐵路、公路、橋樑、水利、電力及觀光設施等公共設施的重建、農林漁牧業的損失與救助補償，以及民眾傷亡與屋損的救助等所需經費總額已超乎行政院當時可投入救災的預算額度。為加速展開各項重建工作，籌措所需經費，並為落實「國土保育」優先的重建政策，2009年8月20日行政院第3157次會議通過「莫拉克颱風災後重建特別條例(草案)」，當日即函送立法院審議。雖然適逢立法院第7屆第3會期休會期間，但因各黨團對此項推動災後重建的立法共識甚高，故本案提出後，各黨團即於8月21日協商決定，8月25日至27日召開臨時會，並於8月27日完成三讀程序，咨請總統於8月28日制定公布全文 30 條。特別條例明定，適用期間為三年。條例施行期滿未及執行部分，必要時，得經行政院核定酌予延長，延長期間最多以二年為限。特別條例於2014年8月15日經行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會公告施行期限至2014年8月29日期滿廢止。
其中最引人注目也曾引發不少爭議的是涉及「劃定特定區域，限制居住或限期強制遷居」的第二十條。
參、從天然災害防救方案到災害防救法
1994年，因為美國洛杉磯大地震，時任行政院長連戰先生指示內政部草擬「天然災害防救方案」以因應重大天然災害。後因名古屋發生的華航空難，政府取法日本處理各項災後應變措施的經驗與方式，把「天然災害防救方案」擴大修正為「災害防救方案」，於1994年8月頒布，作為因應各種天然或人為災害的防救依據，將全國災害防救體系區分為中央、省（市）、縣（市）及鄉（鎮、市、區）等四級災害防救體系。
1999年的921大地震是災害防救方案建置與運作以來最大的考驗，為使日後各項災害防救工作有明確的法源依據與規範，行政院加速研擬「災害防救法（草案）」，於1999年11月25日經行政院院會修正通過，送立法院審議，於2000年6月完成三讀，經總統於2000年7月19日制定公布全文 52 條。災害防救法的制定施行為我國災害防救工作奠定了重要的基石，對於體系內各主要單位所應該負擔的防災、救災應變與復原重建等重要工作項目及其運作，都有明確的規範。
「災害防救法」自施行以來已與時俱進經過10次修正，不僅「九二一震災重建暫行條例」及「莫拉克颱風災後重建特別條例」的重要條文皆已納入，因應2014年臺灣高雄氣爆事故及2016年美濃地震土壤液化致災的經驗也都納入修法的範疇。最新版本的「災害防救法」條文數增加至八章65條，條文內容含括「災害防救組織」(第6~16條），「災害防救計畫」(第17~21條）、「災害預防」(第22~36條），以及攸關「災後復原重建」的第六章(第37~63條）。
