然而，工程專業界卻對北市府的若干作法有所質疑。綜觀柯Ｐ處理大巨蛋，至少犯了四個錯誤，導致聲望滑落；若他不能及時修正作法，未來他動這顆蛋的正當性將大打折扣，反而錯失改革機會。
調子拉太高，證據呢？
巨蛋蓋在擁擠的東區，去除原本綠意盎然的樹木，建物龐然大物逼近街道，幾乎少有人認為是理想的位置。台北市土木技師公會理事長洪啟德就坦言，巨蛋生在人車這麼多的地方根本不妥，逃生相對困難；但當初若生在關渡，沒有商機根本不會有人進來做。但既然已經下在這裡，就應該考慮怎麼讓他更完美，採用最有利的方式去處理；真有人謀不臧，就交檢調處理，要切兩個層面看。
北市法務局長楊芳玲說大巨蛋案「合法不合理」，除了證明馬英九不智，對遠雄讓步太多，還要能證明遠雄有違法，才有辦法拆設施。遠雄先天形象不佳，又發生葉世文收賄事件，趙藤雄有前科之累，但誰是大巨蛋裡的白手套蔡仁惠、收賄款的葉世文？市府在沒有證據之前，如何推翻前朝做的決策？
尤其調查案子的廉政委員會沒有法律基礎、妾身未明，由其調查的案子是否具公信力？並非柯所言「他們都是律師（鄭文龍、袁秀慧），不敢亂來，還要顧聲望」，特別是，迄今看不出柯Ｐ在大巨蛋案的戰略目標是什麼？逼遠雄吐出權利金？還是改善消防安全？因為，將戰鬥指數拉這麼高，民眾就期待市府抓到遠雄具體的錯誤，但卻往往「雷聲大，雨點小」，名嘴夸夸其談，卻錯誤百出，一旦後續發展發現「遠雄沒有那麼多錯」，市府談判氣勢必然受挫。
停工復工 決策反覆？
例如，5月20日，台北市政府由都發局長發函遠雄巨蛋勒令停工，理由是施工造成古蹟毀損、捷運隧道產生裂縫、違反環評承諾事項、且監測數值持續惡化、對建物基礎大底完成日期說法反覆、承諾事項未達成、八十一處主要構造與核定建造圖不符。但又旋即在兩天後，同意讓遠雄對大底「報備施工」，引來外界批評決策反覆。
幾位曾受邀勘察的專業技師都認為，停工決定有失嚴謹。中華民國大地技師公會副理事長陳江淮表示，大底施作還在進行，貿然停工才真有危險。因此停工後市府找四大公會（土木、建築、結構、大地）到現場勘察並討論，全部與會者都要求捷運側有兩處正要做的基礎板，應立即施作，大底也應盡速完成，才不會影響板南線及其他工地安全。
陳江淮認為，市府在停工前應先找專家，針對安全部分應該先考量，討論完再決定停工事宜。他也感嘆，工程臨捷運的開挖，國內的法規或技術都有一定程序，大巨蛋離捷運的距離（13公尺）、深度（地下4、5層），都不是特例，並非名嘴講的多危險。
