中流基金會自創立之初，在胡佛院士的奔走下，力促兩岸學術交流。胡佛認為，鑑於兩岸關係是影響台灣發展的重要因素，能否有深入的對話、合作，至為重要；而「從影響學術界開始」，正是中流基金會最擅長、最能切入的角度。胡佛生前回憶，為了打通大陸高層，他與楊國樞、朱雲漢、高朗等人不時走訪北京，探訪政界人士及大學正副校長。胡佛還曾與江澤民直接會面，「一談之下，才知我們是揚州中學前後期同學。」從而中流基金會在中國大陸學、政兩界均極具影響力，得到重視與信任。
隨著兩位與中流基金會關係密切的政治學院士胡佛、朱雲漢相繼離世，中流基金會依託在台灣大學社科院旗下的胡佛東亞民主研究中心，現任執行長正是新任的台大社科院院長張佑宗。
北大學者順利「回訪」，學界領頭恢復兩岸互信？
日前曾有媒體報導，有大陸學術團在訪台前夕，遭到我方「技術性卡關」。然而，就在8月下旬兩岸頂尖大學在北京清華順利舉辦了學術研討會之後，透過中流基金會邀請，北京大學政府管理學院的張長東、劉顏俊等2位大陸著名學者，則在9月下旬低調「回訪」台灣，分別在台灣大學與台北大學等校，發表了2人正在進行的學術研究「治理與統治：中國稅收的政治邏輯」。
邀請方內部人士向《風傳媒》坦言，在目前的兩岸關係氛圍下，學者彼此的實地往來確實較過去來得困難，但他們還是盡力而為。內部人士也聽說，在2位北大學者訪台過後，台灣方面對大陸學者來台的審查，可望不再如此緊縮。
另一位台灣政治學界人士則對《風傳媒》表示，他雖然沒有參與中流基金會兩岸學術交流的運作，但從旁觀察的感受，看到了「兩岸政治學交流新契機和新的帶頭人」。他還說，在目前的主事者領導下，或許能夠成功帶領台灣親綠比較政治和中國研究學者，恢復兩岸的實體往來，逐步建立我方和北京的互信，甚至扭轉過去以藍營學者為主的中國大陸研究。
平心而論，由於兩岸官方互不往來的政局氛圍，乃至於不斷快速堆高的政治敵意，對於兩岸正常學術交流也蒙上了一層陰影，平添許多不必要的風聲鶴唳。興許頂尖大學的研究合作模式，有望既開啟新的兩岸關係研究途徑，也為兩岸打通新的交流管道。
