經濟上，行政院曾決議在對日和約成立前，禁止日本商人來台，但後來為防止日本受中國大陸市場吸引，遂在1951年解禁。接著在1952年成立「中日文化經濟協會」、1957年與日本合組「中日合作策進委員會」等半官方組織吸引日資，並派遣不少人員前往日本受訓，使台灣企業的經營模式頗受日本影響。國民黨還研議過介紹東南亞的華僑商業網絡給日本，使之能深入當地市場。另外，促進台灣與日本經濟往來的政府要員，如張群、何應欽、黃朝琴、張芳燮、吳金川等人，多半有留日經驗或曾在日據時代與殖民者合作過，這都使台灣與日本的聯繫更深刻。而日本也藉著來台投資生產，打造出「日本－台灣－美國」的三角貿易結構，且迄今仍無太多改變。
此外，台灣1962年成立的第一家電視台「台灣電視公司」，亦是與日本富士電視台、東芝、日立等日企合資成立。今日台灣發達的面板產業，也曾接受大量日本技術的轉移，如奇美電子引進富士通的MVA面板技術；達碁科技（今更名為友達光電）自日本IBM、富士通和松下企業引入生產與設計技術；中華映管則與三菱合作，學習建廠、生產、設計等各項技術。台灣上流社會的很多商業大家族，在形成和發展過程中，都和日本保持著密切聯繫。
台日糾葛 隱晦的結構性問題
這種政治、軍事、經濟領域上對日本的高度依賴，與台灣過去在教育中強調的「中國人」意識和抗日記憶，形成嚴重矛盾，導致「親日」情結即使曾受壓抑，也仍是暗藏的結構性問題，未能被輕易撼動。
如1999年7月台灣中研院中山人文社會科學研究所，舉行「台灣慰安婦檔案調查與研究成果發表會」時，學者朱德蘭公佈檔案，指出日本總督府主導的「台灣拓殖株式會社」，委由姊妹公司「福大公司」招募慰安婦和興建慰安所，而「福大公司」的股東包含鹿港辜家、板橋林家、基隆顏家、高雄陳家等四大家族，曾擔任台灣海基會董事長的辜振甫便是股東之一。其他家族的後人在台灣也仍有舉足輕重的地位，如高雄陳家的陳啟清是台灣可口可樂董事長、其子陳田錨曾擔任高雄市議長；板橋林家的林明成則掌管華南金控與華南銀行。當朱德蘭的研究一公佈，辜家立刻發佈聲明，表示名列股東是日本的籠絡，自身並未實際介入經營。朱德蘭也在隔日緊急召開記者會，聲稱沒有直接史料證據表明四大家族介入，並強調自己「沒有任何外界壓力」。
從此事便可窺見，台日間的糾葛是多麼固化與深層，無法隨意質疑或揭露。這也令台灣即使與日本有摩擦，也難有周旋到底的意願或能力，如釣魚台列島領土、經濟海域重疊等問題皆是如此。與之相反，日本在台灣面前的上國心態，卻總能在台日爭議議題中明顯流露。結構性的因素導致習慣性「親日」的「合理化」，當李登輝等台獨勢力為了對抗中國大陸，逐步推行「去中國化」教育，拋棄中國法統、否定中華民國合法性，從國中教材《認識台灣歷史篇》開始，便不惜刻意謳歌日本殖民者的「貢獻」，令「親日」情結從暗流躍上檯面，在「多元包容」的外衣下與台獨論述結合，逐漸取得輿論優勢。
