行政院政委張景森2017年12月7日在環保團體帶領下，前往桃園市觀塘大潭實地勘查藻礁生長範圍，現勘後表示替代方案不可行，接氣站仍傾向設在觀塘大潭藻礁區，但會減少對藻礁的破壞。
中油為了兌現減少破壞藻礁的承諾，提出天然氣第三接收站的「迴避替代方案」，但環團、學者與環評委員，在環保署2018年1月23日觀塘港環現差及對策報告第二次初審會議中，砲聲隆隆，雙方鏖戰6個小時，最後小組決議讓此案補件再審，另舉辦專家會議討論藻礁問題。
但隨後的會議安排，又再度引發爭議。環保署今年4月18日傍晚發出新聞稿，宣布24日、27日繼續召開專家會議的延續會議，但24日讓民間團體發言，27日只有專家討論，不再開放民眾團體進場旁聽發言，環保署挨批剝奪旁聽發言權利。
經濟部政務次長曾文生領軍參與環保署7月3日的桃園觀塘等環差案的專案小組審查，經5個小時漫長討論後，小組針對工業港環差暨環現差案，做出「不通過」，退回目的事業主管機關的建議。中油則趕在申覆時效的最後一刻，向環保署提出「迴避替代修正方案」，將氣化區退出生態豐富的G1區、移到外海，強調將僅使用既有填區。
根據中油的修正方案，開發面積將從37公頃再縮減至23公頃。其中，將原本規劃在G1區中的氣化區及管線聯通區，移至外海填區及儲槽區，而外海填區及儲槽面積都不變、仍分別維持21及13公頃，開發面積總計縮減了14公頃。
不過，搶救大潭藻礁行動聯盟等環保團體，9月5日仍到行政院大門口召開記者會，訴求藻礁保育要完整，指出中油提出的替代方案並未完全迴避可能對藻礁生態產生影響的範圍。
環保署接連在9月12日及26日、10月3日舉行環評大會，再次處理觀塘案，但因藻礁生態爭議仍無共識及與會委員人數不足流會等因素，決定改期再議。
但為力拚過關，中油承諾將邀請專家學者、環團及在地鄉親共同組成「觀塘工業區（港）生態保育執行委員會」，主導並審議生態保育措施、諮詢，逐年編列足額預算，專款專用，落實執行原棲地的生態保育工作。
行政院長賴清德10月5日列席立法院總質詢時表示，第三天然氣接收站有其必要性，若順利興建後，能滿足電力供應需求，行政院可以同意經濟部重新評估深澳電廠停止興建的可行性。
