為了解決這些問題，有些由陳水扁親自上陣解決，有些則指派他信任的技術官員林陵三來解決。他指派林擔任扁政府交通部長，於2002年2月上任，直至2006年1月卸任。
● 林陵三
林陵三曾擔任扁市府的，台北市交通局長期間推動了台北捷運的建設，為台北市的交通系統帶來了深遠變革。他不僅規劃了捷運路網，還強於工程管理，確保施工進度和品質，讓全台北捷運首條路線木柵線，於1996年3月28日如期通車，這標誌著台灣第一個城市軌道交通系統的啟用，
而擔任交通部長後，林陵三成功解決了台灣高鐵建設中的多項關鍵挑戰，使得高鐵項目最終得以順利完成並取得高品質的評價。他在台灣高鐵建設過程中解決的幾項主要難題：
1. 多國系統的整合
台灣高鐵因為政治力介入，引入了來自日本的新幹線技術和歐洲的機電及土木系統。然而，各國系統之間存在技術差異和標準不同的情況，這使得整合過程極具挑戰。
林陵三領導的團隊克服了這些技術上的隔閡，確保各個系統之間能夠協同運作。通過與日本和歐洲技術專家緊密合作，林陵三帶領團隊成功將這些不同來源的系統整合為一條有效運行的「混血高鐵」，讓台灣高鐵最終順利通車。
高鐵建設過程中，涉及大量的土木和機電工程。台灣高鐵的機電系統（包括列車控制、信號和通訊系統）由日本和歐洲提供，而土木結構則依賴本地及國際承包商合作。林陵三確保了土木和機電團隊之間的密切協調，避免了因技術和設計差異所帶來的問題，並有效解決了高鐵運行過程中的安全與穩定性問題。
2. 高品質施工、風險控管
台灣高鐵路線橫跨多個地質不同的地區，尤其是在穿越地震帶時，面臨較大的施工挑戰。為此，林陵三特別要求工程過程中嚴格遵循地質安全標準，並與各工程承包商建立了完整的風險管理機制。他還引進了國際先進技術，例如使用減震和加固技術來保證高鐵隧道和橋梁的穩定性，從而減少了地質差異對高鐵工程的影響。
經過林陵三和團隊的努力，台灣高鐵於2007年正式通車。自此，高鐵成為台灣南北交通的主力工具，極大地縮短了南北之間的通勤時間，南北移動的時間縮短至約90分鐘，成功達成「一日生活圈」的交通目標。
在施工和品質管理上，台灣高鐵被評價為與日本新幹線相當，甚至在某些方面表現更為突出。這不僅顯示出台灣高鐵技術的成功整合，更顯示出林陵三對施工管理的嚴謹態度和高效的領導能力。
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台灣高鐵是一項耗資巨大的工程，而政府與BOT民間財團興建規劃中，有著嚴重財務漏洞。正式動工不到一年很快就爆發資金斷鏈，甚至要跑銀行3點半。
