國民黨總統初選結果出爐，立法院副院長洪秀柱贏得初選，不過，洪秀柱對於兩岸與核能兩大政策的立場，都與國民黨主席朱立倫有所不同，訪美、日的規劃，也與黨內有不同想法，黨內人士憂心，朱主席與洪參選人的矛盾會越來越多，包括對太陽花學運的立場與課綱爭議等，這個「史上最有主觀想法的總統參選人」，會讓國民黨很頭痛，甚至連帶影響立委選情。
外界認為，不只黨中央會因為部分政策立場而挺不下去，中南部立委也會各自顧性命，讓洪秀柱會成為孤鳥。洪秀柱則表示，她不擔心會變成孤鳥，「難道朱立倫要做一個沒有未來、沒有明天的人？」
對手蔡英文訪美回來成功營造不錯聲勢，國民黨也表明會安排總統提名人出訪美、日，不過，洪秀柱說，她的本意是不想去，因為她在國內的選舉太重要，時間根本不夠用，不像對手已準備6、7年，若真要去，她希望等明年選上，2月1日卸任立委職務後，以「當選人身分」去，更有意義。
【兩岸】洪：簽署兩岸和平協議 朱：深化九二共識
在兩岸議題上，洪秀柱主張進入深水區，要簽署兩岸和平協議，確保兩岸和平與提升台灣的國際空間，與朱立倫的深化九二共識、爭取國際空間相較，前者是簽署新的協議，後者是在現有基礎上，兩者主張明顯不同。
【核能】洪：綠能恐無法替代核能 朱：2025年走向非核家園
在核能議題上，洪與朱也不同調，朱立倫主張「2025年一定要走向非核家園」，但洪秀柱認為，以電力開發、能源轉型、產業升級等角度來說，10年（2025年）是相當短的時間，如果綠能技術無法突破，產業轉型沒有成功，無法替代核能。
去年發生太陽花學運，朱立倫抱持肯定的立場，希望世代要對話，不過，洪秀柱則在黨的政見會上暗諷太陽花學運癱瘓民主程序，讓民主變成民粹。此外在課綱爭議上，黨也憂心將是另一個戰場。
黨內人士認為，黨與洪秀柱之間的矛盾會越來越多，恐不利未來輔選。洪秀柱說，「我沒有想法，憑什麼質疑蔡英文？」她會堅持她已經說出去的話。
洪也說，朱立倫承擔了黨主席的責任，放棄2016年的大選，朱的話出如風、堅守原則，不代表輔選時會晾在一邊、掉以輕心，況且她跟朱立倫沒有仇，朱會為自己的黨負責，「我很有信心。」
「前一段像孤鳥，幾條好漢在一班。」洪秀柱自嘲在初選階段的孤立狀況，但未來智庫會進駐幫忙，她相信國民黨會是大軍團作戰，絕對不會讓她成為孤鳥。
