基社盟主席西侯費（Horst Seehofer）同時擔任內政部長，2015年以來，他與梅克爾的移民政策時有摩擦，並斥責梅克爾開放邊界、接收難民。今年6月，基民盟和基社盟因移民問題再起衝突，西侯費甚至打算遣返由德奧邊界進入德國的難民，聯合內閣搖搖欲墜。
東部大城肯尼茲（Chemnitz）8月發生移民刺殺當地人案件，引發後續騷動，極右派人士不僅上街高喊「外國人滾出去！」甚至暴力攻擊「看起來像外國人的人」。時任聯邦憲法保衛局局長馬森（Hans-Georg Maaßen）就此事件發表不當言論，因而遭到撤職。當時舉國言論幾乎是一面倒地撻伐馬森，唯獨西侯費聲援他，且讓馬森進入內政部工作。
此次基社盟選舉失利，外界揣測西侯費是否辭去主席之位。對此，他向德國電視二台（ZDF）表示，自己身為黨主席當然要對選舉結果負起部分責任，並說他已準備好面對選舉帶來的動盪，但需要再等一會。巴伐利亞鄰邦黑森邦（Hesse）將於10月28日舉行邦議會選舉，基民盟在過去19年皆為該邦最大黨，外界均關切基社盟的失利是否會引發連鎖效應。
黑森邦首長布菲耶（Volker Bouffier）隸屬基民盟，他曾批評基社盟讓選民對德國的保守派失去信心。基民盟黨祕書長克拉姆普．卡倫鮑爾（Annegret Kramp-Karrenbauer）則表示，眼下黨團必須展現紀律，並全力關注黑森選舉。「事實證明，聯合內閣成員對待彼此的方式，以及夏天針對移民的爭論，都無益於巴伐利亞的選舉。」
