八仙塵爆事件造成各醫院人力吃緊，為協助傷患，由6名日本籍醫師組成的醫療團12日下午抵達台灣。衛福部醫事司司長王宗曦表示，若台、日醫師認為有必要實際示範某些治療，必須碰觸到傷患，衛福部沒有意見，但日籍醫生是否可動手術？王宗曦說明多數傷患已度過急性期，評估應無手術進行，主要是對治療計畫提出專業意見。
另一方面，日本捐贈價值超過2300萬元日幣（新台幣600萬元）的Pelnac Artificial Dermis「皮敷美」人工真皮469件，12日也運抵桃園國際機場，紅十字會人員清關提貨之後，送交16家醫療院所。這批醫療物資是日商郡是集團（Gunze Limited）透過日本赤十字社捐贈。
與日方接洽的醫療慈善組織「台灣路竹會」表示，本次6人日本醫師團來台，醫師來自名古屋大學、慶應大學等附設醫院，來台進行燒燙傷專業交流，僅提供醫療諮詢，參訪三軍總醫院等6醫院進行皮膚移植及復健等領域的意見交流。
醫師團將負責全身性發炎及敗血症、皮膚移植、人工皮膚、燒燙傷治療的諮詢，以及專業交流，也將會至衛生福利部參加醫療團會議、參加專案討論會議、收治醫院會議。
衛福部長蔣丙煌先前表示，因礙於法規，無中華民國的醫事人員資格者，無法在台灣執行核心業務，因此婉拒日本醫療人員來台協助。此舉引發輿論熱議，遭批「當務之急是救人」、「法令比人命重要？」但也有網友贊同衛福部作法，表示可避免日後的醫療糾紛。
為解決此問題，台灣醫師公會全國聯合會與日本醫師會簽署「緊急災難醫護人員支援備忘錄」，讓外國醫師在台醫療的限制鬆綁，外國醫護人員來台能從事「低度醫療行為」，例如提供醫療諮詢。
八仙爆炸案傷患統計，截至7月12日上午，405人繼續留院治療，其中273人在加護病房，213人病危，5人死亡，各收治於基隆市、台北市、新北市、桃園市、新竹市、台中市、高雄市、台南市、彰化縣、嘉義縣、嘉義市、花蓮縣、宜蘭縣共13個縣市46間醫院。
