教育部除了前庭被反課綱民眾佔據外，教育部網站也疑似於1日被攻擊癱瘓，經上午緊急修復後，6時讓網站恢復正常，但後來網站又無法連結。直到1日傍晚，網站仍然斷線。
駭客組織「匿名者」亞洲分部（Anonymous Asia）於7月31日在臉書（Facebook）粉絲頁上發文表示支持反課綱運動，並在頁面上放上教育部與總統府網頁連結，疑似將教育部網站當成攻擊目標。
據《蘋果日報》報導，教育部資訊及科技教育司司長李蔡彥證實，教育部網站曾遭攻擊，但已於清晨6時恢復；然而，目前教育部網頁無法連結，李蔡彥得知後表示：「會馬上去瞭解。」，並說明網站攻擊隨時都有，只要發現後就會去處理，而資科司相關人員於1日早上便已向他回報網站有異常流量，需要一些資安設施引導大量侵襲。
