「開放檔案是轉型正義的第一步，可是我們連第一步都走不好。」東華大學歷史系副教授陳進金指出。日前課綱爭議會議記錄或是書面表決其實都應該可以檢驗，但是由於個資法，許多檔案不開放，真相不易檢驗。陳進金表示，若檔案不開放，歷史學家無法深究，「白色恐怖家屬的親人連遺書都拿不到。」
台灣教授協會12號上午10點在台大校友會館舉行「開放檔案 合理應用」與轉型正義座談會，台教會秘書長許文堂指出，2013年7月監察院前秘書長陳豐義未依檔案法銷毀檔案，導致監察院1654卷調查案卷被不當銷毀，嚴重違法遭彈劾，這些檔案堆起來高達161.5公尺，跟新光大樓一樣高。「檔案銷毀了我們就無從知道真相，共產國家最常發生這種事情。」但在2015年5月，台北地檢署檢檢察認為陳豐義銷毀的檔案皆屬「重複」、「冗贅」資料，因此予以不起訴處分。
政大台史所教授薛化元表示，對於歷史的研究，特別是近現代史的研究，檔案是相當重要的。透過檔案的整理、分析，對於掌握、瞭解政府的決策過程及及影響，是不可或缺的，特別是探究重大歷史事件的責任歸屬或是功過評價，檔案往往是關鍵的證據。台灣歷經自由化、民主化後，對於非常體制，乃至強人威權統治時期的歷史重估工作，是攸關轉型正義能否落實的關鍵。但目前不僅權責單位行政裁量過大，又有個資法等相關法律的不同規範，導致檔案不易開放，真相不易究明，更讓研究者無法藉歷史的事實分析研究，探索台灣的前途。行政機關的作為，甚至違反《檔案法》及政府資訊公開的立法本旨。
中研院近史所研究員任天豪舉他的研究主題釣魚台為例，原本有個外交部提供的檔案臨時不公開了，很多外國學者問他檔案是什麼，他卻只能回答：「釣魚台檔案現在看不到了，它本來是公開的但現在消失了。」任天豪表示這是非常丟臉的事情。
許文堂說，因為個資法很多研究無法調閱檔案，即使有開放，卻全都塗白無法閱讀，他說：「我們都是受害者。」他指出，一般國家規定25~30年就該開放。台大歷史所碩士高慧玲也表示，先前在檔案管理局工作時，有人調閱資料，公務員給民眾的檔案是用迴紋針夾起來不給人看。
薛化元表示，「重點不在修法！」而是現有法律之下，檔案本來就可以公開，大家都了解基層公務人員的壓力，但是上級主管應該做出解釋。他表示，近現代史研究，檔案十分重要，特別是探究重大歷史事件的責任歸屬，檔案往往是關鍵的證據。
因歷史學者發起「開放檔案 合理應用」聯署，目前有419位學者連署，包括歷史和台灣史相關系所（含中研院）教授94位、其他學門教授47位、研究生96位、中小學老師15位、歷史、法律等相關專家14位。主張政府應該主動解密，作業完成後一律開放，憲法機關資料應列為國家檔案，透過學者專家協助判斷是否開放檔案，還有公開檔案應提供研究使用。
