台北市長柯文哲24日表示，爭議性頗高的北宜直線鐵路「環保要先過關」，科學問題要以科學方法解決。柯文哲並強調南勢溪水土保持的重要，必須優先解決。在不犧牲環保的前提下，不放棄爭取北宜直線鐵路最短路線，但是柯也說，若環保不能做到，那也沒辦法。
北宜直線鐵路的興建，用以改善台鐵南港至頭城間，鐵路路線彎繞、部份路段坡度過大，形成運能瓶頸，與台鐵一票難求的情形。此外，預估未來國道五號雪隧飽和年期為105年，轉移紓解其壅塞情形，因而推動的鐵路方案。
方案一已經於民國95年經行政院環保署委員大會以「不應開發」做出結論，但可另提替代方案重新送審。在北宜直線鐵路經環評審議認定不應開發情況下，為檢討現有西部幹線南港站至花蓮間台鐵路線之服務並研擬改善方案，重啟研究辦理，而鐵工局規劃的「方案二」出線（南港─雙溪新─大溪─頭城）正式定案。
而柯文哲當選台北市長後，為尋求路線最高效率，重新提出最短路線方案，也就是方案一，從南港至翡翠水庫共36.3公里，以3座長隧道連接，台北至宜蘭間行車時間可望縮短至39分鐘。柯文哲24日表示，不犧牲環保的前提下，不放棄爭取北宜直線鐵路最短路線，但是他也說，若環保不能做到，那也沒辦法。
此外，對於南勢溪遇雨濁度便上升，柯文哲說明，24日台北市副市長鄧家基跟他說，為了稀釋南勢溪的濁水，翡翠水庫必須放掉一億噸水，而柯文哲表示，這個問題要到行政院去討論，台北地區用水每逢下雨濁度上升的問題，要做跨部會的通盤檢討。
