農委會主委陳保基今早（10月2日）至立法院備詢時，與台中選區國民黨立委楊瓊瓔，對於自由經濟示範區中的農產品保護，一度針鋒相對。楊瓊瓔表示，未來在自經區裏頭，農委會應該要保障台灣本身的農產原料，而非直接性的衝擊台灣農產業，農委會卻無所作為。
楊瓊瓔認為，若無法保障我國產業，自經區就該直接拿掉農業部分。楊批評，我國不能進口花生，但卻可以進口到示範區裡做花生醬。然而陳保基卻不認同這樣的觀點，他舉台灣牛肉麵為例，台灣的牛肉麵，沒有一個原料是用國產的，但台灣牛肉麵卻世界有名，難道就不進口牛肉嗎？
陳保基表示，台灣可以從中國進口花生醬，卻不願意開放到台灣做花生醬，是非常矛盾的，因為將加工品都使用自己國家的原料製作再銷往世界，是從來沒有過的事。陳保基表示，要加入TPP，應該是盡量調整自身的體質，而非一再的抵制。
