在文化資產保留與都市開發中陷入兩難的南港瓶蓋工廠，即使台北市長柯文哲在上任前曾表示要「全區保留」，但全案面臨已走完法律程序、公民團體在額外2周協商時間內也無法與地主達成共識。柯文哲8日表示，對於無法做到全區保留感到抱歉，並表示他會盡力做到最好，剩下的還得再跟地主們談。
南港瓶蓋工廠重劃區在2008年就完成審查，早已完備相關程序，但隨著近年文資保存意識抬頭，竄起一群為文資奔走的公民團體，增添了對該區土地使用的新變數。
然而，南港瓶蓋工廠區內涉及80多個私地主的土地所有權益，若要全區保留，勢必衝擊私地主，因此在文化資產保留與都市開發中陷入兩難，也一直是柯文哲很頭痛的議題。
經過多日的協商，北市副市長鄧家基7日表示，公民團體共提出4個全區保留的規劃方案，但都沒辦法完全取得中華電信、國產署及郭姓地主等重劃土地所有權人及當地里長、里民的同意，北市還出示南港區20位里長連署開闢10米道路的連署書，因此，將照原定計劃繼續在中間闢路，並只保留6棟歷史建築，其餘拆除。
全區保留 柯文哲：選前贊成 上任後也是往這方向努力
捍衛全區保留的文化大學楊重信教授，痛批北市府對「南港瓶蓋工廠保存沒有目標、協商沒有策略，沒有決心」。對此，柯文哲8日參加「首都圈論壇－公共住宅政策」後受訪表示，「南港瓶蓋工廠，我在選前是贊成全區保留，上任後我也是往這個方向去努力」，但由於這個案子早就走完法律程序，因此只能找機會去保留。
即便多了2個星期的協商時間，但公民團體與地主仍無法達成共識，柯文哲說：「主要是那塊地上面的地主，包括中華電信、國產局及私人地主，他們都不同意公民團體提出來的方法，那變成市長也不能強奪人民的土地，所以就變成很為難。」
因此，柯文哲也為了「全區保留」跳票一事跟社會大眾致歉。他表示，「我沒有想到南港區所有的民意團體都連署，對我是另外一種壓力，所以有一句話是不滿意但可以接受，常常只能做到不滿意但大部分人可以接受，只能做到這樣，所以我還是道歉。」
不過，柯文哲最後語帶保留，會在台北市長能力所及的範圍內，想辦法做更多的保留，但還得跟地主在「所能容忍的範圍內」談保留一事。
