2012年總統大選時，國民黨指控民進黨總統候選人蔡英文涉及「宇昌案」不法，選後特偵組查無不法，將全案簽結；蔡英文認為副總統吳敦義夫婦及時任經建會主委的劉憶如等4人，均曾不實指控她涉案，提告求償，台北地院今針對劉憶如遭求償500萬元部分，判決劉憶如需賠蔡英文200萬元。全案可上訴。
蔡英文曾表示，她個人投資宇昌案，是為了台灣的生技產業，而今天上午正好是蔡英文親自發表亞太生技醫藥研發產業中心政策，時間點巧合。
蔡英文2012年在選後獲簽結後，先提出刑事告訴，指吳敦義等人，涉犯《總統副總統選罷法》意圖使人不當選罪，但檢察官就訊吳後，認定媒體簡略報導非吳本意，已將吳不起訴，蔡另提民事告訴向吳等人求償。
