稍後，柳元麟輾轉從緬北回到臺灣，蔣介石賦與他島內的新職是國防部作戰督察研究委員會委員。一九五四年，緬甸政府軍對緬北國民黨軍殘部發動猛攻，蔣介石命柳元麟從臺灣兼程趕回緬北，重整隊伍，集中四千五百多人，成立「雲南人民反共救國軍」。蔣介石一度希望藉著柳元麟在緬北組織的這支游擊武力，配合臺灣的國民黨軍部隊，分別從大陸的東南和西南兩個方向，發動「鉗形」攻勢，兩面夾攻，「反攻大陸」。
蔣介石要朱元琮前往滇緬邊區找柳元麟，其實就是要為日後發動鉗形「反攻」計劃舖路。
朱元琮以「國防部作戰次長室執行官」的身份，帶著慰問金新臺幣二十萬元，遠赴跡近蠻荒之境的泰緬寮邊區。這塊蠻荒之地和大陸雲南省雞犬相聞，是一大片被深不見底的亞熱帶叢林包圍的化外之地。柳元麟帶領的部隊，對外號稱是「雲南人民反共志願軍」，實則是仍擁有國民黨軍番號的雲南反共游擊隊，他利用這塊遍地是螞蝗、瘧蚊和鴉片煙的三不管的叢林山區，紮營墾荒打游擊，擴大與鞏固勢力範圍，隨時聽候臺北的命令，俟機而動，對大陸發動攻勢。
曾任蔣介石座機駕駛的國民黨軍將領衣復恩，在回憶錄中，形容柳元麟游擊隊駐紮的地方「那裡生活很苦，瘴氣瀰漫，我們稍停休息，即見無數螞蝗掉在馬身上吸血，當然也會掉在人身上，情形極為可怕！由柳總部，我們乘船沿瀾滄江南下，到達一小村，那裡有一些由大陸逃去的難民，也有幾位我政府人員在那裡工作，設有電臺與臺灣連絡。」
朱元琮見到柳元麟，轉交給他一封蔣介石的手令。朱元琮說，「總統」的意思，要你們堅守陣地，日後配合臺灣從大陸東南沿海登陸，你們從西南攻進雲南，兩路並進，對共產黨發動鉗形攻勢。遵照蔣介石的指示，朱元琮在那個自古被視為西南瘴癘之地，到處是螞蝗與瘧蚊，各種疾病叢生，物質條件極度艱困的滇緬寮邊區，生活近兩個月。
朱元琮事後追憶，蔣介石對柳元麟在游擊區的表現並不滿意，一度有意以夏濟平將軍取代柳元麟，寄望夏濟平整頓游擊隊，將雲南邊境變成「反攻大陸」的支戰場。但在夏濟平尚未進入情況時，不便陣前換將，只好先派夏濟平去當游擊區的「主任」，打算等夏熟悉當地情況，再把柳元麟調回臺北。「思恩亭」前下令成立反攻秘密基地一九六一年春節過後，朱元琮風塵僕僕回到臺北，才剛回到家裡，接獲「副參謀總長」賴名湯緊急電話：「『總統』要召見我們，你趕緊準備一下吧，我們一起上桃園角板山。」（角板山距臺北市區約五十公里路程）兩人匆匆趕到角板山賓館，侍衛長胡炘單獨帶領朱元琮走到賓館後側，一座名為「思恩亭」的八角亭，此處景致酷似奉化妙高臺，故而蔣介石甚喜在此處遠眺靜思。朱元琮但見蔣介石身著一襲長袍，端坐亭中一張籐椅子上，若有所思。朱元琮雙腳併攏，向蔣介石行了一個軍禮，蔣介石點點頭，招呼朱元琮坐在對面石凳。
