近日爆出陽明大學與交通大學正在談合併，甚至傳出已簽訂「合校備忘錄」。陽明大學學生會4日以「嚴正拒絕黑箱，暫緩合校備忘錄！」的口號進行抗議，陽明大學校方也應學生會要求，在4日中午召開公開說明會，由校長梁賡義向師生說明合校細節，並將於下午進行對外說明會未來陽明和交大的合併方向。
日前爆出陽明大學與交通大學可能合併一事，陽明大學學生會挺身抗議拒絕黑箱，以「拒絕盜壘會議、主張交付民意論」、「絕不妥協黑箱、公開透明得人心！」等口號於4日上午進行抗議，指責校方沒有事先告知教師、學生、校友及行政人員情況下，將於6日校務會議通過合併備忘錄。陽明大學學生會也呼籲校方暫緩，待師生意願充分調查後，才符合正當性及合理性。
對此，陽明學生會會長陳佳菁解釋，雖因陽明大學以生物醫學為主，而交通大學以資訊產業起家，某種程度上有互補結合，對生物產業、學術排名、基礎醫學研究及校務基金都有好處，但近半年師生都不曉得雙方合校的相關資訊，近日卻得知已簽署「合校備忘錄」，交大更是通過備忘錄後才舉辦說明會，在資訊這麼不透明的情況下，呼籲應暫緩程序。
生物醫學影像暨放射科學系學生陳貞羽也認為，除了合校程序不合理外，還有許多問題待解決，像是2校距離太遙遠，學生移動很不方便，以及2校資源分配不均，加上2校學生在網路上吵很兇，已經無法和和氣氣，應從長計議，待問題解決再行併校。
對於2校合併，陳佳菁也提出質疑，究竟合併後是新設合併成立新大學還是存續合併，僅1校存續、另1校變更為存續學校的分校，陳佳菁也坦言，學生不見得反對合併，但希望學校將合併後的利弊得失充分揭露後，由學生進行投票，決定合併案是否應該進行。
