針對府方「國會多數黨組閣」議題，新任總統當選人蔡英文明確拒絕，蔡幕僚也透露，其實在今晚，蔡和馬就多數黨組閣議題，已和馬英九總統有直接對話過招，晚間7點20分，馬透過雙方幕僚，和蔡通上話，除恭賀蔡當選，花很多時間，表達應讓民進黨以新的國會多數黨來組閣，但蔡也對馬明白表達，她有不同的看法。
據轉述，馬透過幕僚，打通民進黨副秘書長劉建忻電話，表達想和蔡道賀，流通報後，隨讓蔡馬直接通話，馬恭喜蔡勝選，但馬上拋出多數黨組閣議議題。
據轉述，對馬的意見，蔡也對馬說，民進黨對這主張有了解過，民進黨認為，這在憲政上並無空間，反而會造成政府混亂，這件事，她跟馬有不同看法，尤其現在剛選完，她還有很多事處理，她也主動對馬說，她會在稍後記者會上，談到穩定政局的想法，後續有什麼問題，可由民進黨秘書長吳釗燮，和總統府秘書長曾永權來對口處理。
