特別是九零年代中後期以來，國民黨陸續丟失台南、高雄、嘉義縣等地的地方執政權，到陳水扁任期內，民進黨的穩固版圖更北上朝雲林等縣市推進。到馬英九於2005年首度擔任黨主席後，國民黨的地方執政版圖雖有一度反攻跡象，但旋即又在2009年和2014年的陸續丟失地盤。
特別是在2014年的地方大選中，連傳統上被視為「藍大於綠」的人口密集區─臺北市、台中市、桃園市都陷於民進黨之手，而在台南市和高雄市的國民黨得票率更被壓縮在兩、三成左右的懸殊比例。足見國民黨在地方層級選舉中一向倚重的地方派系逐漸失靈。當然，原本親國民黨的派系中人、地方社團組織，也有可能陸續被長期執政的民進黨地方政府，同樣以政經利益分配、收編。
再者，當今與1990年代、台灣社會剛剛解嚴的時空相較，如今即便是在非大都會區的鄉鎮地帶或鄉村地帶，越是年輕的選民，其依據傳媒、互聯網、報章雜誌自行決定的投票傾向的自主性也越高。國民黨傳統上依靠農會、漁會、同鄉會、青商會、宮廟信仰等社會團體，進行複合式選舉動員的效果不斷打折。而扈從在國民黨羽翼下的舊有地方政經頭人們盤根錯節的利益網絡，也常為所謂的「返鄉青」”，或當地具有改革意識的環保、社區營造、文化創意人士和外來移入的知識份子所疏離和抗拒。
而地方派系和國民黨黨組織之間的利益鏈結，大多強過於信仰或理念層次的交融，導致長期以來國民黨黨核心政治人物，對地方派系出身人物只願利用，不願重用，造成了在各級選舉中，出力跑腿「打天下」，和在台北廟堂上「坐天下」兩類人的扞格。馬英九執政八年以來，由地方政壇或立法院系統出身的政治人物，得以進入內閣各部會分享執政權力的派系中人屈指可數。而惟一扶持的地方派系二代樣版人物，又因貪腐案落馬，成為馬英九政府八年間極少數因貪腐問題而下臺的部級以上高官。
長此以往，地方派系和國民黨組織系統離心離德、貌合神離之勢，難免越演越烈。在2016年的大選中，由於落後幅度已大，地方派系為避免浪費實力、「棄戰」的傾向明顯，國民黨在全台凡由民進黨長期於地方執政之處的得票率，大多被壓制到三成以下；而新近丟失的臺北市、新竹縣市、桃園市等地的得票，也都不足四成。朱立倫自身仍擔任市長的全台人口第一大城新北市，也毫不給現任市長面子，國民黨的得票率僅有33%。
在2014年和2016年的兩場選舉後，民進黨挾中央、直轄縣市和省轄各縣市層層執政之優勢，以人事位置挖角、以行政資源利誘、以蒐集貪腐事證移交檢察機關相脅等手段，將仍願與國民黨合作的地方派系裂解分拆；或將這些派系，在地方政經資源的分配過程中進一步邊緣化，將是題中應有之義，毫不令人意外。此次，與國民黨合作的派系勢力代表人物，在立委選舉中落選大半，足可視為地方派系人物從中央政壇汲取資源、再灌輸分配至一己地盤的生存模式，日漸式微的開端。
