民進黨1日公布民進黨政權交接小組，由民進黨秘書長吳釗燮、新境界智庫董事長林全、蔡英文競選團隊執行總幹事林錫耀擔任共同召集人，據《財訊》報導，這代表總統府與行政院的龍頭已決定，林全可望出任行政院長，吳釗燮將擔任總統府國安會祕書長，而林錫耀將出任行政院副院長。
該報導指出，前財政部長、新境界智庫董事長林全是各界咸認最可能的閣揆人選，但林全卻多次對外透露缺乏再任公職的意願，主因是馬政府上台後以種種行政與司法手段「迫害、追殺」扁政府時代官員，因此不想捲入政治漩渦中；不過林全始終扮演蔡英文智庫角色、也備受信任，仍被認為是最有可能人選。
該報導認為，一旦以財經專業的林全出面組閣，副院長人選就必須具備政治能力，以協調各部會與立院黨團等政治事務，因此，被認為喬功不輸立法院民進黨團總召柯建銘的林錫耀，是最優先被考慮的人選。
據了解，小英兩員心腹大將陳俊麟與劉建忻也將入府，可能擔任國安會與總統府副祕書長，持續扮演小英最信賴的左右手；至於小英從陸委會時期就有共事經驗的前陸委會副主委傅棟成與主祕詹志宏，應會進入國安會，傅可望擔任副祕書長，與陳俊麟一起輔佐能讓獨派放心的吳釗燮。
而民進黨核心幕僚也指出，蔡英文與林全早已約談可能的府院政務官人選，新境界基金會底下分了十七個小組，核心參與的成員有數十位，其餘的顧問、智能有300位之譜，已具備「影子內閣」的雛形。
報導也表示，過去8年，飽受「司法追殺」的扁朝政務官，儘管事後證明多屬冤枉，卻也讓這些官員淡泊官場，因此未來僅有少數扁朝老將擔負起「傳承」大任，很多將退到第二線，擔任行政院政務委員；熟悉蔡英文人士表示，蔡英文思考府院高層的原則，包括世代交替、經驗傳承與具有政策共識，蔡英文也曾多次強調，四、五十歲的中生代已經具有獨當一面的能力，「應扛起時代的重任。」
