大地震重創南台灣，台灣高鐵也受到嚴重影響，67處電車線設備受損，面臨通車9年來最嚴重考驗，但因正逢春節返鄉運輸，高鐵工程人員全力搶通，原本在7日上午宣布10時起台北─高雄恢復全線通車，但後來發現嘉義車站北側電車線嚴重受損，考量各項安全，台中至左營暫停營運。
台灣高鐵今天加開台中至雲林區間列車（沿途停靠彰化站，全車自由座，6車除外），台中自11:30起每小時30分出發往雲林，雲林自12:00起每小時準點出發往台中，並於雲林站增派客運巴士，將南下旅客轉乘接駁至台鐵嘉義站、台鐵台南站以及高鐵左營站。
據《蘋果日報》報導，高鐵通車營運前巡檢時發現，嘉義段道版扣件設備約破損30顆，疑因Y型無支承橋墩差異變位導致，列車僅能開到台中，預估今天南部段恐怕到下午都無法通車。
地震發生後，台灣高鐵除緊急及協調台鐵及客運業者，於高鐵台中站協助旅客轉乘接駁外，並調整相關票務處理及退換票作業，相關做法說明如下：
1) 凡購買因地震影響而致遲延或取消之車次，若車票未經使用，旅客可自原乘車日起一年內，持原車票至各車站售票窗口辦理全額退票，免收手續費；若旅客仍欲搭乘高鐵，一年內均可持原車票採空位搭乘方式搭乘後續列車，或更換為其他仍有座位列車之對號座車票。
2) 原購買含台中至左營區間車票之旅客，將退還未乘區間之票價，旅客可於一年內憑車票至各車站售票窗口辦理退票事宜。
3) 此外，高鐵公司基於春節疏運旅客關懷，特提供前述受地震影響旅客轉乘台鐵或客運服務，本次轉乘費用由高鐵公司採特例個案處理支付。
