民進黨正研擬黨團版《兩岸協議監督條例》草案，討論過程涉及監督條例可能溯及既往，衝擊小至影響談判中的《兩岸貨貿協議》，大至可能導致尚未生效的《兩岸服貿協議》必須重啟談判，甚至必須重新檢視馬政府任內20多項協議。陸委會高層表示，若是監督條例溯及既往，「過去每半年報告一次兩岸協議執行成效又算什麼？」希望民進黨在立法時能務實行事。
馬政府任內20多項協議 可能須重新檢視
新國會開議，現任行政院雖仍依慣例重提上會期的政院版本，仍預期未來立法方向將由民進黨主導。面對即將卸任的政治現實，陸委會官員坦承，在提出院版草案之後，由於監督條例並未被納為行政院優先法案，因此尚未與立委溝通。
然而在綠營研擬草案的討論過程中，監督條例是否「溯及既往」成為重點之一。由民進黨主席蔡英文指派，負責整合黨團立委及黨中央意見的桃園市副市長邱太三表示，針對監督協議效力的起始日確實出現不同看法，除了認為應比照一般法律，維持不溯及既往原則的看法外，有立委認為至少要覆蓋談判尚未結束的《兩岸貨貿協議》。
立委主張：服貿遭質疑黑箱 應要涵蓋
另外也有立委主張，既然《兩岸服貿協議》遭到質疑黑箱，更在2014年激起反服貿運動，因此監督條例應該涵蓋服貿協議的洽談內容。另據透露，也有立委主張更為強烈，認為應該全面檢視馬政府任內兩岸協議，使其符合監督條例的精神，「時間線劃在哪裡是重點」。
對於綠營內部不同聲音，陸委會官員坦承，國家協商有其延續性，「當然不希望監督條例溯及既往」；若新的法律可能影響既有協議的效力，「那現在貨貿協議還要不要繼續談下去？」
陸委會官員以貨貿協議為例說，貨貿協議尚未簽署，未來簽署時當然要經過國會審查才能生效；但若要求補強談判過程的監督，則可能影響目前已經完成的部分。
陸委會：服貿雖未生效 對岸未必願意重談
又以《兩岸服貿協議》為例，官員表示，雖然協議遲遲未能生效，但至少已經完成談判，若未來新監督機制要求重啟談判，對岸是否願意是很大的問題。
陸委會官員更不滿的是，若監督條例立法後，要求重新檢視過去20多個協議，形同質疑過去協議執行的效力，「那過去每半年要求報告一次兩岸協議執行成效又算什麼？」
官員表示，貨貿協議正談到一半，現任政府基於職責，希望能繼續處理這項工作，當然不希望新的法律影響過去已經談成的協議效力。對於綠營討論的條例生效日期，陸委會官員說，「行政部門沒有悲觀的權利」，只能希望不要發生前功盡棄的最壞情況。
