2016大選結束後，即將朝野易位的國、民兩黨除對是否提前組閣有歧見外，國政交接工作也將展開交鋒。據了解，民進黨方面為確保國政檔案能完整留存，規劃在初步溝通時「提醒」負責交接工作的總統府秘書長曾永權，清點馬政府8年的五人小組、外交、國防及兩岸小組的會議紀錄，以便移交給下任政府。
國安機密 前後任政府交接重點
第14屆總統大選順利落幕，未來4個月將進入國政交接關鍵期。由於政府交接尚未法制化，諸多政務，尤其涉及國安機密事項，能否完整交接，成為前後任政府交鋒重點。民進黨雖提出交接條例草案，但在時效上未必能夠適用於此次總統交接，因此已著手擬定交接方案，將交接事項劃分出總統府及行政部門兩大區塊；其中總統府的區塊，除了一般例行事務及文書移交外，同時鎖定府內黨政及國安會議檔案，確保馬政府能清楚並完整地移交。
從李登輝時期便曾參與相關會議的高層人士透露，李登輝執政時期，針對新加坡辜汪會談、上海辜汪會晤，及北京辜江會晤的高層會議，都有詳細紀錄，並完整存放於國安會檔案室；如今再次政黨輪替，民進黨方面當然也希望馬政府將完整移交事關兩岸國安重大議題的紀錄。
該名人士舉例，相較於李登輝時期的二次辜汪會等進展，馬英九時期的兩岸具體成果，例如簽署ECFA等23項協議、後續洽簽《兩岸服務貿易協議》及《兩岸貨物貿易協議》的決策，都曾經過兩岸小組會議、府院及國安高層討論，「應該留下完整會議紀錄」。
民進黨希望 政府決策記錄完整存檔移交
而上自馬英九總統親自主持的府院會議，到總統府內定期召開的外交、國防及兩岸小組會議，依體制都應該留有會議紀錄；另外，針對開放美牛、油電價計算機制調整、證所稅等重大政策，府院高層也曾正式開會進行討論，也應該有官方文書記錄。民進黨方面希望，這些政府決策記錄都應該完整存檔並移交。
然而據曾經參與府內相關會議的人士透露，馬政府第一任國安會秘書長蘇起上任之後，曾有官員向出席兩岸小組會議的高層之一詢問決策背景，卻得到「要查記錄只能找蘇秘書長」的答覆。之前國安會內更曾傳出一說，指蘇起上任後便下令兩岸小組會議不做紀錄，有一名副秘書長不明就裡，自願擔任會議記錄，卻遭到阻止。
民進黨內雖然不願對馬政府內部的說法表示意見，但仍希望曾永權既已獲馬英九指派負責交接工作，應該先請馬政府任內4任國安會秘書長蘇起、胡為真、金溥聰和高華柱整理好國安高層會議的檔案準備移交。
移交不困難 但是否如實記錄
而在行政部門交接方面，由於有政府組織改造的模式可以參考，文書、人員及相關檔案的移交不會太困難，重點仍是官方作為是否如實記錄並列管。以兩岸溝通平台為例，知情官員透露，海基、海協除磋商及正式會談外，平時有許多電話溝通，在董事長及秘書長層級的記錄較不精確，不是沒有記錄，就是只有時間、對象，但缺少具體內容。
至於陸委會方面，在調查「張顯耀案」時即曾發現陸委會內文件記錄疏漏頗多，並不翔實；而會內官員表示，過去陸委會和國台辦的溝通平台設在副主委及副主任層級時，雙方通話均有會內人員在旁做記錄，相信在升級到首長層級後，應會循此方式進行，在交接時當然也會移交。
