同時，新系也透過「百里侯」開疆闢土、栽培新人，從地方開始蹲點，擔任地方官員、參選議員、立法委員。1997年賴清德當選台南市立法委員，2001年蘇煥智當選台南縣長，新潮流在台南範圍迅速擴張就是一例。
新系擁有超強的組織實力，也往往和黨內那些有志高位的政治人物，採取合作或結盟的發展策略。歷任黨主席無論是否與新系結怨，上任後都曾任命新系成員擔任秘書長或黨務主管，新系也能合作愉快、各取所需。因此新潮流被媒體視為「民進黨黃復興」「執政者鐵衛軍」。
在陳水扁擔任台北市長以至後來兩任總統期間，扁系、新系長期合作，新系成員大量進入公部門擔任政務官及重要幕僚，新潮流也在民進黨內鯨吞蠶食、逐漸壯大。
有人說阿扁「成也新潮流，敗也新潮流」。新系創立者邱義仁擔任了陳水扁2000年、2004年時總統選舉的操盤手。2003年初從國安會秘書長轉任總統府秘書長，主要任務就是為陳水扁連任輔選準備。從爭取致勝6%的關鍵選票，到策反國民黨的地方派系的「割喉戰」，都來自邱義仁的策劃。
陳水扁連任後，邱義仁回任國安會秘書長，揚言在2004年底的立委選戰中要對泛藍軍「割喉割到斷」。選舉結果在立法院中，民進黨共當選89席，比國民黨還多10席，首次成為國會最大黨，然而席次卻未過半。「朝小野大」造成施政困難不但沒有改善，割喉效應卻種下「藍綠惡鬥」的惡果。
在2006年民進黨全代會中，針對新潮流的「解散派系」議案，獲得過半票數通過。民進黨議決禁止以派系名義設辦公室、招募會員、對外募款，也規定公職人員不得加入派系。
扁執政後期陷入貪腐漩渦中，多位新系成員也身涉弊案，理想色彩蕩然無存，新系透過籌組「新社會智庫」，想藉此整理門戶、進行「清流」。但此時，新系成員也漸漸分裂成南流、北流，政治歧見拉大，成員也逐漸發生裂痕、矛盾叢生，同志間公開嗆聲也不在少數，團結、紀律和共識已成過往雲煙。
2006年，黨籍立委公開批判陳水扁，遭基本教義派批判的11名立委又被稱為「11寇」，這當中新潮流系就佔了7個，包括了林濁水、洪奇昌、林樹山、段宜康、李文忠、沈發惠、蔡其昌。2008年立委選舉，11寇全數落馬無一倖免。
民進黨最挫敗的2008年，蔡英文在新系高層的幕後操盤下，從廢墟裏接任民進黨主席，獲得新潮流大老王拓、吳乃仁力挺。王拓還出任秘書長，幫助蔡英文在最短時間內，完成精編人事、穩住黨中央。同時在新潮流主導的中央黨部幕僚及智庫輔佐下，蔡英文帶領民進黨兩年內贏得10席立委補選中的9席。
