國防部針對憲兵濫權搜索事件11日完成行政調查，並公布行政懲處，全案懲處最高層級為政戰局長聞振國中將被記過2次，憲兵指揮官許昌中將則被記申誡1次；2人都在國防部的記者會上為事件鞠躬道歉。另外，下令啟動搜索的政戰局保防安全處長趙代川少將則因主持專案會議，未向權責長官報備，記過2次，以及核發獎金未盡周全再記過1次，合計記過3次，該事件共有14位參與此案件的軍官被懲處。
國防部由總督察長室、政風室編組完成行政調查後，依據相關人員違失責任，行政懲處名單層級最高的包括2位中將：政戰局局長聞振國中將，對所屬保防安全處及軍事安全總隊辦理台北憲兵隊進入民宅調查案，未盡督導之責，斲傷軍譽，記過2次。另外，憲兵指揮部指揮官許昌中將，對所屬台北憲兵隊進入民宅調查案，專業及教育訓練不足，未盡督導之責，申誡1次。
至於全案啟動偵辦與調查的政戰局保防安全處處長趙代川少將，則是辦理台北憲兵隊進入民宅調查案，主持專案會議未盡指導之責，任務分工不明，且未及時向權責長官報備，衍生後遺，斲傷軍譽，記過兩次。再者，核發獎金作業未盡周全，有失職責，記過1次。趙代川共被記過3次，等同1次大過。
整個事件還有其他11位軍官被懲處，政戰局保防安全處部分包括副處長詹國義上校，辦理台北憲兵隊進入民宅調查案，未能襄助主管周延處理全案，有失職責，記過1次。科長楊世盛上校，未能襄助主管周延任務執行，有失職責，申誡兩次。
在軍事安全總隊部分則有5位，總隊長劉明龍上校，辦理台北憲兵隊進入民宅調查案，對所屬幹部執行任務，未善盡督導責任，有失職責，記過1次。站長汪世偉上校，未能確依協調分工事項，落實勤前教育及勤務人員規劃，有失職責，記過1次。副主任吳居發中校，未能襄助單位主官周延任務執行，有失職責，申誡兩次。組長余明達中校，協調分工及聯繫欠缺周延，有失職責，申誡兩次。保防官蔡舜祥少校，專業不足，有失職責，申誡1次。
憲兵部分則有4人受到懲處，分別為憲兵202指揮部指揮官夏德宇上校，未能督導教育所屬勤務紀律及落實掌握部隊行動，有失職責，申誡兩次。臺北憲兵隊隊長呂正芳上校，督導執行偵辦案件，未按程序及管制不當肇生違失，有失職責，記過1次。台北憲兵隊特情官黃明瑞少校，未按程序肇生違失，有失職責，申誡兩次。台北憲兵隊特行官鄒國裕上尉，未按程序肇生違失，有失職責，申誡1次。
