但和卓兄弟的統治十分暴力獨裁，1759年在南疆人民的支持下，清軍打敗了叛軍，大小和卓逃往阿富汗東部，被當地部族首領砍頭，清朝完成西域的統一，並將這個地方重新命名為「新疆」。雖然這場仗打贏了，但也折損了許多優秀的將領。
清緬戰爭
1762年開始中緬邊界不斷有爭執發生，乾隆也不願再以綏靖對待西南邊事，開打後當時的雲貴總督劉藻謊報大捷，實際上只抓到了5個小兵，緬兵甚至大舉入侵、包圍軍營，輸得很慘。劉藻當然被處死了，而新上任的楊應琚對緬甸情勢不熟悉，一味地相信前線傳來的假新聞捷報並上奏給乾隆。但後來乾隆發現清兵其實輸得很慘之後大爆氣，把上報假新聞的將領和楊應琚都殺了。
新派去的總督明瑞戰功累累，只是仍輕忽了緬軍的力量，甚至在交戰時中箭身亡，清軍在第三次與緬甸交戰依然是輸了。第四次乾隆放大招，讓他的愛將傅恆領軍出征，但由於瘴氣和水土不服，三萬多清兵折損大半，此時緬軍也因幾年的戰爭而感到厭倦，加上南面正被暹羅騷擾，擔心腹背受敵，而提出停戰。1769年雙方議和，而染上瘴癘的傅恆就此病死。此次戰事歷時四年，前後四次出兵，耗費1300多萬兩白銀。
台灣林爽文叛亂
林爽文事件是清領時期台灣的三大民變之一，因為台灣地方官員取締幫派組織天地會，領袖林爽文不滿清廷遂起兵抗清，起義之初駐守台灣的清軍勢單力薄，根本無力抵抗，若沒有部份地區的民兵、鄉勇配合清軍圍攻、抵抗林爽文軍隊，可能等不到朝廷支援。清廷先後動用了3萬多軍力，還派遣了傅恆的兒子福康安、大將海蘭察出征，到台灣後還募集鄉勇團練，耗費800萬銀兩，加上利用當時台灣泉州人、漳州人、原住民部落等各族群間的矛盾，費時一年半平定，乾隆更是因為鄉勇在此戰的強大助力而將諸羅縣改名為嘉義。
安南之役
安南是現在的越南地區，這次乾隆出兵是「管別人家事」。安南國內亂，原安南帝黎氏及其家屬在支持者的保護下逃到了廣西境內，乾隆認為可以藉此機會出兵安南，扶植傀儡皇帝，讓大清多一個藩屬國。1788年派孫士毅出征，一路殺進首都昇龍，冊封黎氏為安南國王，本來乾隆叫他冊封完就收兵回京，他卻因為享樂貪功，打算在安南過完年再繼續南下進攻。
於是新政權阮氏便趁著清軍歡度春節、鬆懈之際率軍北上，包圍了昇龍城和其他駐兵營，清軍大敗。乾隆知道之後大爆氣，把之前給孫士毅的一切封號撤回，並叫傅恆的兒子福康安繼續討伐安南，但阮氏不願再戰，賄賂福康安並向乾隆要求冊封（等同於承認藩屬地位），乾隆就開心地封他為安南國王，叫福康安撤軍且將此戰列入「十全武功」。
