壓力也會減少快速動眼期睡眠，也就是做夢的時期。快速動眼期是睡眠中非常重要的部分，後半夜比重會逐漸增多，我們容易在這個階段中醒來，往往能回憶起做過的夢；如果在睡眠其他階段醒來，就太容易想起夢境，為此，主觀地感覺自己有沒有做夢，並不能直接評估睡眠品質的好壞。
睡眠在幫助我們應對壓力時，扮演著重要角色。動物實驗顯示，小白鼠暴露在持續兩小時的壓力刺激下，海馬迴活動增加，且海馬迴和杏仁核之間的神經交流發生了改變。這些結果證明，持續的壓力會導致睡眠結構和神經活動的改變。
另外，睡眠剝奪也會使杏仁核活動增加，減弱杏仁核和前額葉皮質之間的聯繫，並導致人體出現更多難以控制的情緒反應，起床氣就是非自然醒來時，情緒瞬間失控的表現。持續遭遇睡眠剝奪的成年人，將來會有更高的致病風險，但這種隱患往往被人們忽視。
長期睡眠不足，等同吸毒
研究者在最近一項研究中發現，若給予一組整晚失眠的人與一組正常睡眠的人圖像干擾，前者大腦中的杏仁核有更多的活動。這表示當睡眠剝奪發生時，即使是健康對象的大腦也會出現一定的病態。睡眠剝奪可能影響人體的核心神經結構，整晚的睡眠剝奪會造成接下來的一天裡，大腦前額區域的血液供給減少，使人們在應對複雜任務時表現較差。
年輕人在急性睡眠剝奪後，表現出較少的不良反應，意即與老年人相比，年輕人更容易適應慢性睡眠剝奪。現在習慣熬夜的年輕人越來越多，有些人仗著自己身強體壯，長期熬夜也沒有出現太大的不良反應；這會降低大腦報償迴路[1]的活動，導致個體需要更大的刺激，來感受得到報償的感覺，類似吸毒後出現衝動行為和尋求獎勵行為增多的現象。
一項研究比較了睡眠充足的人，與在壓力下出現睡眠剝奪的人，前者杏仁核和內側前額葉皮質間的連結較強，後者則是杏仁核和自主神經腦幹區域間的連結較強。這些結果證明，在睡眠剝奪的壓力下，人們的情緒反應會變得更強烈，控制情緒的能力更弱，進而喪失理性和邏輯性。
另一項研究發現，睡眠剝奪對風險行為有影響。在這項針對四千名學生持續實行十二個月的研究中，研究者控制了年齡、性別和抑鬱因素，發現失眠似乎是吸菸、酒駕的前因。還有一項針對兩萬名十∼十九歲青春期受試者的研究，當睡眠障礙與壓力負面生活事件兩相結合時，未來的攻擊行為（例如持槍）比例就會增高。
睡眠剝奪和壓力的關係如此密切，應該如何調整？有個捷徑可以選擇，那就是小睡片刻。小睡片刻可以減少與睡眠剝奪相關的神經內分泌和免疫反應，但更多人關注的是晚上如何睡得更好。實際上，三十分鐘的小憩可降低皮質醇水準，並透過抑制HPA軸和皮質醇的釋放來減少壓力。
