現行YouBike民眾租車前30分鐘免費，此10元是由市府代付，之後的每30分鐘付費10元，並依時間累進收費。為了貫徹「使用者付費」原則，4月1日起市府將調整費率，改為使用前30分鐘向使用者收取5元。台北市長柯文哲表示，估計到2019年，北市府再投資10億元完成YouBike的市區建置。
交通局表示，目前YouBike每車的周轉率為12次，遠高於倫敦每日每車周轉3次、紐約7次的數量，獲得北市民眾的熱烈迴響，調整5元後，預估周轉率將下降為8次。
為了貫徹「使用者付費」的原則，從4月1日起，市府將取消前30分鐘民眾免付費的優惠，改為民眾部分負擔5元，另5元仍由市政府補助給廠商，未來不排除將繼續往上調整到民眾自付10元。
據北市府交通局的民調統計，取消前30分鐘免費實施後，使用量將降為50.4%。有73%的受訪者贊成前30分鐘付費5元，51％支持10元全由自己負擔，由市府與民眾各負擔5元的占22%。
調整費率後，預估市府每月負擔將由2000萬元降至700萬元，節省的經費能彈性運用在站點擴增、自行車路網及騎乘環境的改善上，未來4年將繼續擴點，於2018年，將從當前營運的196站擴增到400站、從6404輛車提升到1萬3000輛的規模，民眾步行350公尺就能接觸到租賃站。
費率調漲會不會擔心造成民眾反彈？柯文哲表示，這是有做過民調的決定，他相信騎乘的人會少一點，不過在與交通局詳細討論後，估計到2019年，台北市政府再投資10億元，用這10億元完成租賃場地、買車與各方面的維持工作，把台北市的YouBike系統建立完成，讓自行車的交通發展起來。
交通局表示，為了配合扣款系統修改，雙北的YouBike租賃站在4月1日0至5點全面暫停營運，只提供還車服務，且還車時會多扣5元。
