故事開始於2007年春節，方小曉與林見清相遇在返鄉的火車上，因為一張遺失的車票令他們有了接觸，接著畫面旋即轉為黑白，時間來到2018年，他們準備搭機返回北京過年，只是不同的是，兩人就像個陌生人般的窺望彼此，若非天氣不好飛機停飛、若非林見清的主動搭話，他倆或許就會這樣再錯過。《後來的我們》就這樣用著「現在」與「過去」雙線進行著劇情，獨自在北京打拼的小曉與在北京念大學懷著遊戲夢的見清，就這樣從2007年的春節開始成了無話不談的好朋友，她每段戀情的喜悅都與他分享，他也沒有錯過她的每個喜悅時刻，見清是喜歡小曉的，可他知道他給不起小曉想要的，她想要嫁給有錢人、住在北京、買棟房子，可偏偏這些都不是現在的他給得起的，於是他選擇默默陪著她。
「還能做朋友嗎？」
一次的分手失戀，在因著幾杯黃湯下肚，讓小曉與見清跨越了朋友界線，即使小曉沒有接受見清，他心裡還是明白有個位置永遠屬於她的。當然，最後兩人還是表白了彼此，成了男女朋友。剛開始的他們好快樂，可漸漸地越來越多的衝突產生，伴隨著生活壓力襲來，兩人對於愛情、人生的價值觀逐漸分歧，甚至於開始不懂了對方。「如果你覺得我無法跟著你過苦日子，那又怎麼會覺得我會想跟你一起過你想要的那種好日子？」這是在分手多年後，小曉在見清的請求下一起回到家鄉見見清年邁的父親、她對著他說的話，他們都已經長大了，許多事情早已變得不在乎，許多曾經想要的早已忘去，可見清始終不了解，以為滿足了小曉就夠了，直到他真的失去了她、直到父親過世、直到他成家立業、直到他在飛機上偶然在遇到了她，直到很久很久的後來，他才懂了過去的年少輕狂。
「I miss you...」
「我也想妳。」
「我是說我錯過你了。」
《後來的我們》最為人詬病的就是中間一段小曉與見清兩人不斷地用著文謅謅對白說話，尤其是有太多的如果穿梭其中，但愛情何嘗不就是如此？往往使自己體會了愛情、學會了愛情的，都不是那個和你走到最後的人，就像小曉跟見清一樣，相信他們都知道自己是對方最愛的那一個，可是他們也懂，如果當初他有勇氣上了地鐵、如果當初她沒有選擇離開，好多的如果縈繞心頭，如果現在還在一起，未來也不一定會繼續走下去，不是嗎？既然這樣，不如讓他倆的故事就到這，一如見清說的，「幸福不會是個故事，不幸才是。」，是吧。
「緣分這事啊，能不負對方就好，要不負此生真的太難。」
這是電影裡我最喜歡的台詞，出自於見清父親老林的口，他在電影中擔任長者的角色，同時也是名旁觀者，即便一年僅有一次見到面，但他始終在觀察著兒子與女孩的互動，在他眼裡來看見清太過年輕，年輕氣盛、血氣方剛，正處於什麼都想衝、想冒險、想證明的年紀，這年紀有的拚勁助他朝成功前進，可卻也遮蔽他的雙眼，正因為不懂得停下腳步看看四周、不懂得回頭檢視，只顧著眼前的一切事物，所以見清最後才會失去了小曉，老林最後自然是知道了他倆分手的事，他握著見清新對象的手，嘴裡喊著的卻是小曉的名，不僅是他惦記著她，更是想再一次交會兒子成長吧。
