國台辦發言人朱鳳蓮指責，台灣當局以各種藉口查扣大陸漁船，粗暴對待大陸漁民，是造成悲劇的主因，而金廈海域是兩岸漁民的傳統漁場，沒有所謂的「禁止、限制水域」，中方雖對台灣同胞充滿善意，但也不會容忍台方侵犯大陸漁民的權益。
中國海警局也宣布，將在金廈海域常態化巡查，單在2月19日就有6艘大陸海警船在金門周邊海域出現，一度分成兩隊圍繞金門航行，且緊貼金門地區「禁止、限制水域」外圍航行。此外，更有海警船強行登上金廈遊輪「初日號」，臨檢30多名遊客和船員，引發恐慌。
金廈海域衝突升級危機？台灣業者：面對中國海警無力抵抗
陸委會指出，對岸一小部分民眾的不當海洋活動，如抽砂、炸魚等，破壞海洋生態，對漁民權益及沿岸居民生活造成嚴重侵害，呼籲中方加強治理。至於為何快速遣返兩名生還漁民，陸委會表示在完成相關事件之調查後，該兩名人員已無留置之必要及理由，為保障人權，由主管機關依法執行遣返程序。行政院長陳建仁也表示，國防部早已劃定限制和禁止的海域，雙方也是按照相關海域來進行執法，因此兩岸應理性對等，而且互相合作，來維護金廈海域的安全。
海巡署表示，該艘翻覆的中國漁船為「三無船」（無船名、無船舶證書、無船籍港登記），船長也沒有駕照，「三無船」是兩岸共同取締的重點對象，絕沒有使用粗暴方式。而海巡署將持續運用雷達、守望及巡邏三道監偵幕，全面掌握周遭海域目標動態，機動調整勤務因應，以確保金門海域和諧及安全。
另外，航港局強調，一般的登船檢查應在港口區域進行，海上登檢並非國際慣例。因此，業者應避免跨越限制水域，並在遇到海事案件時，應立即向海巡署求助，避免與中國海警的不必要對抗。
不過，據金門當地船務人員透露，面對中國海警的檢查，他們無力抵抗，只能選擇配合，也不確定海巡何時能趕到支援，希望官方能堅定立場，防止類似事件再次發生。
網傳中國漁船包圍金門島？真的假的？
近日，網路上流傳一則「中國百艘漁船包圍金門島，讓漁民出不了門」的訊息，並附上一段插滿五星旗的漁船出海的影片。
台灣事實查核中心透過收聽中國廣播電台的節目，發現在2月19日和20日都沒有報導過有關福建漁民包圍金門的新聞，而經過進一步的調查，發現網傳的影片是拼湊2023年中國山東、浙江漁民開漁的畫面，船隻AIS信號定位圖卡則是來自網路文章。
海巡署表示，目前沒有海警船包圍金門，也沒有阻止漁民出海的情形，金門漁業從業人員也證實，金門共有3個漁港，目前漁民都正常出海捕魚，並沒有遭到中國漁船的包圍或威脅。
此外，亞洲事實查核實驗室也發現臉書流傳一則PO文，指控海巡署第九海巡隊隊長吳孟哲經營兩家漁業公司，因生意考量，惡意追捕，造成中國漁民喪生。海巡署官員澄清，吳孟哲是岸巡隊的隊長，與海巡隊無關，也沒有經營任何漁業公司，皆為惡意誹謗。經濟部商工行政資料開放平台也顯示，網友提及的兩家漁業公司已經解散多年。
