莫札特死後不久，關於死因的各種傳聞在社會上不脛而走。兩百多年後，死因更被闡釋得五花八門。
第一種傳說認為莫札特被人嫉妒，最終死於同行下毒。這畢竟是死無對證的事情，而且捕風捉影的味道很重。作案動機值得商榷，作案時間和作案手段更無從談起。
坊間還傳聞莫札特死於梅毒，這是最蠱惑人心的結論。據說，莫札特曾有放浪形骸的時候，男女關係比較混亂，而且梅毒是當時歐洲的常見疾病，從美洲大陸引入不過一、兩百年， 這樣的桃色說法似乎很能吸引讀者和好事者的眼球。但從醫學等角度看，莫札特臨死前的種種表現似乎找不到和梅毒症狀相關的地方。梅毒病人經常在身體各處出現皮膚損傷，有的會發展成糜爛、潰瘍，除非合併其他器官的損害，一般很少單獨導致病人浮腫。梅毒到了晚期， 由於皮膚局部壞死、變形，有時候會導致病人臉部缺陷，甚至毀容。
莫札特死後，按當時歐洲的習俗，有專人給死者做一副石膏臉部模具，作為永久紀念， 能夠反映出死者的真實面容。莫札特的臉部模具的確存世，從這個模具上看，他的臉部皮膚極其光滑，一點殘損的痕跡都沒有，而且呈安睡狀，顯得非常平和。這樣看來，莫札特死於梅毒的證據不足。
第三種常見說法是天花。這是一種急性傳染病，致死率極高，只有少數人可以倖免，短時間內能導致病人全身潰爛，合併感染而死。不過，這帶有明顯的流行性，而且傳播能力極強，但根據文獻記載，當時的維也納並沒有出現天花流行，莫札特身邊長期侍候他的親人也沒有在此期間病死，可見天花的說法十分荒謬。
再說，天花更容易導致臉部長滿痘瘡，甚至化膿，即使僥倖存活，臉上也會留下永久的坑坑窪窪（中國稱為麻子），可是莫札特的臉部模具徹底否定了這一切。
近年來更有美國學者獨闢蹊徑，提出豬肉絛蟲說。沒有屍體病理標本，沒有蟲卵證據， 使得這說法永遠停留在假設階段，但正因為如此，任何人也無法絕對推翻它。不過，寄生蟲疾病又怎會和發燒、浮腫牽連在一起呢？
曲折漫長的病史
從現存的文獻看，臨終前莫札特出現了發熱、腫脹兩大症狀。全身浮腫很可能是診斷莫札特病因的關鍵。
浮腫，主要分心源性、腎源性、肝源性，莫札特發病較急，進展很快，兩週就已明顯浮腫，似乎不像肝臟的問題，即使是與肝臟相關的低蛋白血症（肝臟製造蛋白能力下降，或者營養攝入太差，引起浮腫）也不會那麼快、那麼突然。再說，肝臟有問題的病患通常全身皮膚發黃，醫學上稱之為黃疸，但這麼明顯的特徵卻沒有見到記錄。由此可見，莫札特腎臟和心臟出問題的機會最大。
